Pathway Commons是一个整合多个pathway和基因相互作用数据库的综合平台，包括BioGRID、HPRD、IntAct等。它提供基因交互网络、富集分析和通路图等功能，方便进行基于网络的基因功能研究。尽管不包含所有数据库（如STRING），但对于pathway研究，它是全面的资源。用户可以通过FTP地址下载数据，并进行基因功能分析。
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network based analysis, 基于网络的数据分析，是目前最常见的研究基因功能的方法，最典型的有pathway和蛋白质相互作用网络的分析，基因间的相互作用构成了一个网络，通过基于网络数据的挖掘算法，挖掘潜在的hub基因。
基因的功能注释来源于数据库，对于pathway而言，有kegg pathway, reactome等数据库，对于ppi而言，有string, IntAct等数据库，不同数据库收录的数据内容和格式都不尽相同，为了更加方便的检索各种数据库，有科学家整合了多个pathway和ppi先关的数据库中的信息，构建了一个综合性的网站，pathway common, 相关的文章发表在Nucleic Acids Research上，链接如下
https://academic.oup.com/nar/article/39/suppl_1/D685/2506078
数据库的网址如下
https://www.pathwaycommons.org/
最初版本整合了包括BioGRID, HPRD, IncAct等共9个pathway和基因interactions的数据库中的信息，详细列表如下
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