引用2115次的ATAC经典论文解读

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本文要解读的文献如下

于2013年发表在nature methods杂志上，引用多达2115次。作为ATAC的开篇之作，在文章中详细介绍了ATAC的原理及应用，分为了以下几个部分

1. ATAC的实验方法

ATAC通过tn5转座酶来富集开放染色质区域的DNA序列，经PCR扩增后进行NGS测序，实验流程如下图所示

相比DNase-seq, FAIRE-seq, 该技术要求的细胞起始量低，而且文库构建耗时短，统计结果如下图所示

上图中的左侧描述了不同实验方法所需的细胞起始量，可以看到ATAC所需细胞最少，右侧描述了文库构建时间的长短，可以看到ATAC在1天之内就可以完成文库构建。

通过比较不同实验方法捕获构建的文库的一致性，发现ATAC重复性好，而且与其他实验方法的一致性高，对应的信号图如下所示

信号分布的峰型基本一致，相关性结果如下所示

可以看到，相关系数都较高，两个ATAC文库的相关性则高达0.97。

2. ATAC的插入片段揭示了核小体的位置

通过对ATAC文库中插入片段的长度进行分析，观察到了一种很有意思的现象，示例如下

可以看到，200bp之后，插入片段的峰值有一个周期性的波动，取log之后，这个趋势更加明显。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的，这里的周期性表示的是不同核小体的个数，说明ATAC可以定位核小体边界。

进一步对ATAC文库的插入片段进行探究，观察不同长度的序列对应的染色质状态，结果如下

可以看到，当插入片段的长度非常短时，在CTCF结合区域富集。对于转录起始TSS区域而言，对应的插入片段长度在1到3个核小体周期的长度。而promote对应的插入片段长度则非常长。

ATAC文库中，位于两个相邻核小体之间的序列，称之为nucleosome-free fragments, 简称NRF。这部分序列的peak可以用来表征TSS的位置，如下图所示

对于THAP8和WDR62两个基因而言，ENCODE CAGE测到的序列表征了这两个基因的TSS区域。可以观察到，ATAC文库中NRF序列的peak也很好的表征出了这两个T