管理conda environments

欢迎关注”生信修炼手册”!

environments作为conda的核心组件,用于封装相互独立的软件环境。通过在不同的environment中安装packages,来实现不同软件的相互独立,通过在不同的environments之间进行切换,从而运行不同的packages。

在environments中,有一个基本概念,叫做base environment,可以通过如下命令来查看

conda info --base

其实体是一个目录,在该文件夹下,包含了以下几个目录

1. pkgs, 下载的packages源文件以及解压缩之后的文件夹

2. envs, 新创建的environments

3. bin, 可执行程序

4. include, packages依赖的头文件

5. lib, packages依赖的动态链接库

6. share,存放共用的软件包

除了pkgs和envs目录是base environment文件夹独有的,其他几个文件夹在所有的envrionments目录下都会存在。

对于environments, 常用的有以下几种操作

1. 创建

通过create子命令来创建一个新的env, 命令如下

conda create -n myenv numpy

-n参数指定要创建的env的名称,接下来的参数指定要安装的packages,除了在创建env的同时指定安装包,也可以创建好之后,再进行安装,命令如下

conda create -n myenv

2. 使用

当我们创建好一个env之后,需要切换进去,才可以在里面操作,包括安装和使用packages, 典型的使用一个env的过程如下

# 切换进去
conda activate myenv
# 安装包
conda install scipy
# 退出
conda deavtivate

3. 迁移

当我们想要将一个conda的env在不同服务器之间迁移时,有以下两种方式,第一种是导出该env的所有安装包信息,然后再另外的服务器上根据这个配置文件重新下载生成一个env, 用法如下

# 生成environment.yml文件
conda env export > environment.yml
# 根据environment.yml文件创建新的env
conda env create -f environment.yml

这种方式的最大特点是适合不同操作系统的conda迁移,因为保留的是包的信息,下载的时候会根据操作系统自动下载对应的包。

第二种适用于相同操作系统平台的迁移,用法如下


  • 7
    点赞
  • 23
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 5
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 5
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值