circos 可视化手册-highlights 篇

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通过ideogram和ticks这两个block, 我们能够把全部的染色体信息绘制成精妙的circos 图片，但是这些只是circos的基本功能，染色体只是提供了一个基础的坐标系统，重点是染色体上相关区域的数据如何展示。

Highlights这个block 提供了一种功能，高亮某个区域，高亮的意思就是用不同的颜色进行填充。比如将CpG岛区域进行高亮，可以直观的查看CpG Island在染色体上的分布。

和ticks类似，一个hightlishts由多个hightlight 构成，示例如下

file定义了需要高亮显示的区域，至少需要以下3列信息

第一列为染色体的ID,第二列和第三列分别定义了染色体上的起始和终止位置。每一行是一个需要高亮的位置。file定义了需要高亮的区域在染色体上的实际位置，接下来就是设置highlight在图中的显示方式。

相关参数可以分成两大类别：

1. 定义位置的参数

有两种定位的方式

• 通过ideogram参数