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circos 主要用于展示染色体上的相关数据,根据在染色上的位置进行不同方式的可视化。所以有一个前提,我们需要基于染色体的位置来看。
在circos
中,染色体的位置保存在一个文件当中,通过karyotype
参数进行设置,比如
染色体的位置保存在文件karyotype.human.txt
中,部分内容如下:
采用\t
分隔,共7列内容。前两列内容是规定的,都是chr\t-
,表示这部分内容是定义染色体相关信息的,第3列是染色体的ID, ID必须是唯一的,用于区分不同的染色体,第四列代表染色体的名字,这个名字会显示在最终生成的图片中;第五列和第六列分别代表起始位置和终止位置,这里的长度都是染色体的总长度,最后一列代表的是染色体的颜色,只不过采用了chr
前缀来表示颜色,注意不要和染色体的ID和name 搞混淆了。
在circos
中,内置了许多的颜色,相关的配置保存在软件安装目录的etc/colors.conf
文件中,其中etc/colors.ucsc.conf
文件中采用RG