circos 可视化手册-plots 篇

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!

不论是highlights还是links,展示的都是染色体上某段区域的信息，在实际的数据中，除了区间信息外，还会有该区间对应的数据信息，比如测序深度等信息。对于这种信息，通常我们会通过散点图，折线图等图表来展现，在circos中，也有对应的功能，通过plots这个block ， 可以在数据映射到二维坐标系中，然后通过不同的图表类型来呈现。

plots需要的数据格式如下

共4列，空格分隔；前3列定义坐标，包括染色体，起始和终止位置；第4列定义对应的值。在这个文件中，有两点需要注意

1. 区间信息可以是一个点，文件的第2列和第3列定义起始和终止位置，但是起始和终止位置可以相同；
2. 第四列的信息不仅是数字，也可以是文字。数值可以使用散点图等展现形式，文字可以直接标记在图上。

plots的基本用法如下：