【群体结构】CLUMPP软件使用

最近在做群体结构分析，群体结构三剑客：structure、pac和kinship。这边我主要用的软件是 structure，毕竟比较老牌，正常一个K值只要1天时间，我感觉还能接受。在structure获得输出结果后，需要利用 CLUMPP对多次循环的K矩阵进行合并。

CLUMPP的安装

官网网址：https://web.stanford.edu/group/rosenberglab/clumpp.html，进行简单的一个注册之后，就可以跳转到下载链接。
下载与安装

wget https://web.stanford.edu/group/rosenberglab/software/CLUMPP_Linux64.1.1.2.tar.gz
tar zxvf CLUMPP_Linux64.1.1.2.tar.gz #解压即可用

CLUMPP的使用

1. 对structure的循环结果进行提取，构建成CLUMPP的输入文件格式。

• CLUMPP的示例数据格式为：
  
  因为这里他也是K值为3的时候，所以只有5列。
  第1列：材料编号
  第2-4列：K的成分比例
  第5列：单株的数目(通常取1即可）

下面为我提取structure的结果的一个脚本，我设置的循环数为5，分别从0-4，结果文件分别为structure.out.3.0_f，structure.out.3.1_f，structure.out.3.2_f，structure.out.3.3_f，structure.out.3.4_f。

my(@line,$flag,$num,$i);
open OUT,