roh计算近交

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于 2022-12-07 09:54:40 首次发布
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版权

plink 计算roh
plink --bfile 20221115-393id --homozyg --allow-extra-chr --out 20221115-393id-roh

image.png
roh.hom文件
筛选kb>5000(5MB)的片段，求每个个体长ROH片段之和
片段长度和/常染色体总长度（2248.361mb）

画图
image.png

plink het计算ROH
plink --bfile PIC-22ID --het --allow-extra-chr --out PIC-22ID-het
F列可能出现负值，全部加一个常数变为正值。
image.png

包子甘蓝
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