基因组学系列5： 基于基因组近交系数F-ROH评估亲缘关系

1. 基因组近交系数

基因组近交系数F-ROH（Genomic inbreeding coefficient based on Runs of Homozygosity）是一种衡量个体基因组中纯合片段（Runs of Homozygosity，ROH）程度的指标。它反映了个体基因组中由于近亲繁殖导致的相同等位基因纯合状态的比例。

常染色体上≥5Mb的ROH长度总和与常染色体总长的比值（2881Mb,GRCh37/h19）为基因组近交系数 (F-ROH)，可以用来评估亲缘关系；

大于25%提示一级亲缘关系；

12.5%提示二级亲缘关系；

6.25%提示三级亲缘关系；

若该比例≥6.25%（ROH片段总长接近180Mb），建议在报告中注明“基因组大片段纯合区域较多，常染色体隐性遗传病的发病风险增高”；

小于三级亲缘关系不建议报告。

2. 计算基因组近交系数 (FROH)

计算通常涉及对基因组中连续纯合基因型的检测和统计。首先，通过基因分型技术（如 SNP 芯片或全基因组测序）获取个体的基因型数据；然后，在基因组上识别连续的纯合区域（ROH），这些区域是由相同的等位基因组成的连续片段。F-ROH的计算基于这些 ROH 片段的总长度与整个基因组长度的比例。例如，如果一个个体的基因组中 ROH 片段总长度为L-ROH，整个基因组长度为L-genome，则F-ROH计算公式：

3. 基因组近交系数的意义

3.1 近亲繁殖程度评估

F-ROH的值越高，表明个体基因组中纯合区域越多，近亲繁殖的程度越高。在动物育种中，高近交系数可能导致有害隐性等位基因的纯合表达，增加遗传疾病的发生风险，降低个体的适应性和生产性能。例如，在奶牛育种中，较高的F-ROH可能与较低的产奶量、较差的繁殖性能以及更高的疾病易感性相关。

3.2 群体遗传结构分析

对于群体遗传学研究，F-ROH可以用于分析群体的遗传结构和历史。不同群体之间的差异可以反映群体的近交历史、迁移模式和遗传漂变等因素。例如，一个相对隔离的小型群体可能由于长期的近亲繁殖而具有较高的平均值，而一个大型、开放的群体由于基因交流频繁，其F-ROH值可能较低。

3.3 保护生物学中的应用

在保护生物学中，F-ROH可以用于评估濒危物种的遗传健康状况。对于濒危物种，近亲繁殖是一个严重的威胁，因为它会减少遗传多样性，增加灭绝风险。通过监测，可以了解濒危物种的近亲繁殖程度，并采取相应的保护措施，如引入外来个体增加基因流，以降低，提高物种的生存能力。

4. 基因组近交系数的影响因素

4.1 繁殖方式

不同的繁殖方式对F-ROH有显著影响。例如，自交（self - fertilization）会导致极高的近交系数，因为个体自身的等位基因在繁殖过程中纯合化。在植物中，一些自花授粉植物天然存在较高的F-ROH。而在动物中，近亲交配（如兄妹交配、父女交配等）也会迅速增加F-ROH 。

4.2 群体规模和结构

群体规模越小，基因交流越受限，近亲繁殖的可能性越大，从而导致F-ROH升高。此外，群体结构也很重要。如果群体存在亚结构，亚群内个体之间的交配机会相对较多，容易产生近亲繁殖，增加亚群内个体的F-ROH。例如，在一个地理隔离的岛屿种群中，由于个体数量有限且与外界基因交流困难，其F-ROH可能随着时间推移而逐渐上升。

4.3 选择和漂变

自然选择和遗传漂变也会影响F-ROH。强烈的选择可能导致某些有利等位基因在群体中迅速固定，增加纯合性，从而提高F-ROH。同时，遗传漂变在小群体中作用明显，可能使某些等位基因随机固定或丢失，改变群体的基因频率，进而影响F-ROH。例如，在一个经历了瓶颈效应（如由于自然灾害导致种群数量急剧减少）的群体中，遗传漂变可能导致等位基因频率的剧烈变化，增加近亲繁殖的可能性，使F-ROH升高。