VASPKIT绘制电荷差分密度

电荷密度差分（charge density difference）是研究电子结构的一种重要手段，通过它可以直观地观察两个片段相互作用后的电子流向，以及原子在形成分子过程中电子密度的变化，从而探究化学键的本质。一般电荷密度差分主要是指体系的电荷密度与其组成片段的电荷密度之差。

1. CHGCAR文件格式解析

CHGCAR文件包含电子密度信息的格点文件，不同的体系（如自旋非极化体系ISPIN = 1 和自旋极化体系ISPIN = 2）会包含不同的数据。CHGCAR的前部分与POSCAR, CONTCAR格式相同，包含晶格矢量、原子核坐标等信息。其后是实空间函数的网格密度，以及电荷密度信息ρ® Vcell。举例说明，以下是一个AgAl2O4晶胞的CHGCAR文件内容：

AgAl2O4                          
   1.00000000000000     
     5.970688    0.000000    0.000000
     2.985344    5.170767    0.000000
     2.985344    1.723589    4.875046
   Al   O    Ag
     4     8     2
Direct
  0.125000  0.125000  0.125000
  0.125000  0.625000  0.125000
  0.125000  0.125000  0.625000
  0.625000  0.125000  0.125000
  0.896032  0.311903  0.896032
  0.353968  0.353968  0.353968
  0.938097  0.353968  0.353968
  0.353968  0.353968  0.938097
  0.311903  0.896032  0.896032
  0.896032  0.896032  0.311903
  0.353968  0.938097  0.353968
  0.896032  0.896032  0.896032
  0.500000  0.500000  0.500000
  0.750000  0.750000  0.750000
 
   96   96   96
 0.18168850074E+02 0.18351291176E+02 0.18907802224E+02 0.19865518432E+02 0.21266233626E+02
 0.23162941221E+02 0.25615466044E+02 0.28686961954E+02 0.32439828896E+02 0.36930625701E+02
 0.42201321723E+02 0.48265903124E+02 0.55091788621E+02 0.62578622075E+02 0.70538524327E+02
 0.78684781737E+02 0.86635425342E+02 0.93936164958E+02 0.10010404596E+03 0.10468465971E+03
 0.10731710731E+03 0.10778641392E+03 0.10605630734E+03 0.10227346625E+03 0.96740352694E+02
 0.89868950321E+02 0.82112454447E+02 0.73916692000E+02 0.65672458996E+02 0.57691566642E+02
 0.50203260180E+02 0.43345647396E+02 0.37203505883E+02 0.31808655813E+02 0.27151022210E+02
 0.23198450946E+02 0.19895699717E+02 0.17176793084E+02 0.14967445399E+02 0.13190491189E+02
 0.11773110164E+02 0.10649974944E+02 0.97651555604E+01 0.90755463845E+01 0.85482536956E+01
 0.81590935988E+01 0.78915724986E+01 0.77350114894E+01 0.76834527684E+01 0.77350072287E+01
 0.78915549761E+01 0.81590824775E+01 0.85482326986E+01 0.90755399075E+01 0.97649179708E+01

2. Vaspkit计算两个片段的电荷密度差

以OER反应中间体OOH吸附在MoAg2O4(111)表面为例，计算电荷密度差的步骤如下：

2.1 优化OOH吸附在MoAg2O4(111)表面的结构

2.2 分别优化OOH和MoAg2O4(111)表面的结构

这一步确保三次自洽计算所采用的FFT mesh一致（NGXF,NGYF,NGZF）。

2.3 使用VASPKIT进行电荷差分计算

使用VASPKIT 314功能进行电荷差分计算，并将结果导入VESTA进行可视化。

 ===================== Structural Utilities ======================
 1)  VASP Input-Files Kit          2)  Mechanical Properties
 3)  K-Path for Band-Structure     4)  Structure Editor
 5)  Catalysis-ElectroChem Kit     6)  Symmetry Analysis
 8)  Advanced Structure Models
 ===================== Electronic Utilities ======================
 11) Density-of-States             21) Band-Structure
 23) 3D Band-Structure             25) Hybrid-DFT Band-Structure
 26) Fermi-Surface                 28) Band-Structure Unfolding
 31) Charge-Density Analysis       42) Potential Analysis
 51) Wave-Function Analysis        62) Magnetic Properties
 65) Spin-Texture                  68) Transport Properties
 ======================== Misc Utilities =========================
 71) Optical Properties            72) Molecular-Dynamics Kit
 74) User Interface                78) VASP2other Interface
 91) Semiconductor Kit             92) 2D-Material Kit
 0)  Quit
 ------------>>

314   
 ======================= File Options ============================
 Input the Names of Charge/Potential Files with Space: 
 (e.g., to get AB-A-B, type: ~/AB/CHGCAR ./A/CHGCAR ../B/CHGCAR)
 (e.g., to get A-B, type: ~/A/CHGCAR ./B/CHGCAR)

 ------------>>
./CHGCAR ./OOH/CHGCAR ./slab/CHGCAR

  -->> (01) Reading Structural Parameters from ./CHGCAR File...
  -->> (02) Reading Charge Density From ./CHGCAR File...
  -->> (03) Reading Structural Parameters from ./co/CHGCAR File...
  -->> (04) Reading Charge Density From ./co/CHGCAR File...
  -->> (05) Reading Structural Parameters from ./slab/CHGCAR File...
  -->> (06) Reading Charge Density From ./slab/CHGCAR File...
  -->> (07) Written CHGDIFF.vasp File!

生成CHGDIFF.vasp包含电荷密度差的信息，可以直接导入到VESTA里作图isosurface青色部分电荷密度减小，黄色密度电荷密度增加。

参考资料：
Vaspkit做电荷密度差图