生信豆芽菜-Km曲线

最新推荐文章于 2024-08-23 13:46:43 发布
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文章标签： r语言 数据挖掘 数据分析 算法
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版权

网址：http://www.sxdyc.com/visualsKm
一、使用方法
1、数据准备
一个文件，三列，第一列为样本分组，第二列为患者生存时间（可以是天/月/年），第三列为生存状态
在这里插入图片描述

2、选择分组颜色，有几个分组选几个颜色，提交等待运行结果即可
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二、结果
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当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析

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木之如水
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生信质控分析-FastQC
01-13
**FastQC：生信质控分析的基石** FastQC是一款广泛应用于生物信息学领域的基础软件，专门用于对高通量测序数据进行质量控制（QC）分析。在高通量测序技术如Illumina、PacBio或ONT等产生的海量数据中，FastQC能够...
华中科技大学生信专业课件--基因芯片
07-09
华中科技大学生信专业课件.基因芯片的测序原理是杂交测序方法，即通过与一组已知序列的核酸探针杂交进行核酸序列测定的方法，在一块基片表面固定了序列已知的靶核苷酸的探针。当溶液中带有荧光标记的核酸序列...
生信豆芽菜数据分析平台-模型构建
weixin_43949246的博客
05-22 487
lasso分析主要是为了进一步压缩基因的数量，从侧面来说可以去掉一个共线性表达的基因，其实就是一个去重的过程，这里的去重并不是单纯的名字的重复，而是表达模式的相似。点击提交就可以等待运行完成，默认选择p<0.05筛选预后相关的基因，可以根据自己的需求进行修改，常见的<0.01,<0.005,<0.001,<0.0001等等。时间仓促，我们加班加点在上线各个工具，如果喜欢豆芽菜的分析网站，可以推荐给身边的朋友哦！这里的选择特征基因主要是基于二分类的分组进行的，如果是预后模型，可使用患者的存活状态进行分析。
rstudio跑不动咋整？-------生信豆芽菜
weixin_43949246的博客
04-13 767
我有时候在思考，这么一来配置的服务器，什么时候才可以回本，什么时候才可以盈利，在这个物欲横流的时代，让人不敢相信，后来，我详细了解了他们的平台，才发现，生信豆芽菜，是做数据挖掘起家，他们的公众号(生信豆芽菜)专门做文章复现，而且是纯代码复现的那种。我不是她，我也无法理解，她在做什么？我活着是为了什么呢？但是在她身上我看到了曾经的艰难，曾经为了学习所经历的一切，曾经的曾经，我们也是这样，在满怀希望和期待，我开始写CSDN，开始做技术共享，可是多年过去了，曾经的雄心早已不在，剩下的只有被生活抹去棱角的我！
生信豆芽菜-单基因KM曲线
weixin_43949246的博客
08-14 88
该工具主要用于查看单基因在泛癌组织中，高低表达的预后情况，这里可以选择合适的截断值，比如最佳截断，中位值，平均值，当然也可以自己输入（选择other后，自己输入截断值），选择截断值，如果报错，一般都是最佳截断无法分成两组。坐标轴显示的单位是年/月/日。提交后等待运行成功即可。
生信豆芽菜-验证集构建风险模型
weixin_43949246的博客
09-06 91
通过训练集计算的基因的coef系数，构建风险模型，其中默认对风险得分进行z-score，以0作为阈值划分高低风险组，绘制KM曲线。第二个文件：生存数据；第一列为样本名，第二列为生存时间（可以是天/月/年），第三列为生存状态。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。第一个文件：行为基因，列为样本的表达谱矩阵，其实第一列不能重名；第三个文件：基因和对应的基因系数。3、提交等待运行结果即可。
生信豆芽菜-EMT评分的计算
weixin_43949246的博客
08-23 218
当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。2、提交后，等待运行成功即可下载。表达谱数据，行为基因，列为样本。
生信豆芽菜-机器学习筛选特征基因
weixin_43949246的博客
09-06 534
当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。第二个文件：分组信息，第一列为样本名，第二列为患者分组。这里选择是lasso，每一个基因对于分组的贡献。2、选择机器学习的方法，然后提交等待结果即可。第一个文件：特征表达数据。第三个文件：分析基因名。
生信豆芽菜-oncoPredict预测药物的敏感性
weixin_43949246的博客
08-17 733
当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，也可以关注：豆芽数据分析。准备一个行为基因，列为样本的表达谱矩阵即可。2、选择训练集数据库，提交等待运行成功即可。
生信豆芽菜-ImmuCellAI预测24种免疫评分
weixin_43949246的博客
08-15 451
ImmuneCellAI能够估计18种T细胞和6种其他类型免疫细胞（B细胞，NK细胞，Monocyte细胞，Macrophage细胞，Neutrophil细胞和DC细胞.）的比例，同时可以预测患者对免疫检查点抑制剂治疗的反应，如果有分组信息，使用传统的方差检验的方法比较不同分组下各个免疫细胞比例的差异。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据,也可以关注：豆芽数据分析。一个全编码蛋白的表达谱基因，其中行为基因，列为样本。一、ImmuCellAI预测24种免疫评分简介。
生信豆芽菜-ESTIMATE预测免疫评分
weixin_43949246的博客
08-15 894
它通过分析基因表达数据来估计肿瘤组织中间质细胞和免疫细胞的相对丰度，从而提供免疫评分的预测。它可以帮助研究人员预测肿瘤样本中免疫细胞的存在程度，评估免疫细胞的浸润水平，从而为研究肿瘤免疫生物学特征、预测患者对免疫治疗的反应以及指导治疗方案提供有价值的信息。根据ESTIMATE的计算结果，可以得到肿瘤样本的免疫评分预测。该评分反映了肿瘤样本中免疫细胞和间质细胞的丰度，可用于评估免疫细胞浸润情况和免疫反应水平。当然，如果不清楚数据是什么样的，可以选择下载我们的示例数据，还可以关注：豆芽数据分析。
生信知识点-串讲-富集分析_R生信_生物信息_富集分析_R富集分析_生信分析_
10-02
富集分析是生物信息学中的一个关键步骤，用于探索在特定条件下基因集合的功能特性。在R语言中，富集分析提供了强大的工具来解析基因表达数据并揭示潜在的生物学意义。本教程将深入讲解如何利用R进行富集分析，这对于...
生信分析论文套路R语言代码
12-05
TCGA GEO数据处理，基因注释，差异分析，GO，KEGG，GSEA富集分析，肿瘤突变负荷，免疫浸润，LASSO回归，随机森林，SVM-RFE，COX回归，WGCNA网络，共识聚类分析，药物敏感性分析，干性指数，免疫浸润指数，预后模型等...
对于生信友好的生信杂志总结
05-05
对于生信友好的杂志汇总，总共300多个杂志，包含接受量，影响因子等信息。
RKNN在转换过程中的均值和方差设置问题
weixin_44133371的博客
08-20 334
为什么ONNX转RKNN要匹配均值和方差？因为不匹配精度会下降！！！
R 语言学习教程，从入门到精通，R Excel 文件使用（18）
qq_45746668的博客
08-19 359
Excel 格式的文件主要是 xls 或 xlsx，这两种文件可以在 R 语言中导入 xlsx 库来实现直接的读取。 R 语言读写 Excel 文件需要安装扩展包，
基于R语言遥感随机森林建模与空间预测
weixin_48230888的博客
08-20 504
因此，遥感随机森林建模与空间预测的应用能够有效提升遥感数据分析的精度和可靠性，是许多研究者关注的热点。在R语言中，随机森林的实现与应用非常方便，R语言提供了多种包用于构建和优化随机森林模型。此外，R语言在数据可视化方面的优势使得用户能够直观地展示模型的结果和变量的重要性，进一步提高了分析的可解释性和应用价值。因此，R语言中的随机森林工具因其易用性、灵活性和强大的功能，成为遥感数据分析中不可或缺的工具。（2）R语言基础语法与数据结构，包括：程序包安装、加载、更新，数据读取与输出，ggplot2常规画图等。
企业中需要哪些告警Rules
最新发布
s1440350254的博客
08-23 1045
Prometheus中的告警规则允许你基于PromQL表达式定义告警触发条件，Prometheus后端对这些触发规则进行周期性计算，当满足触发条件后则会触发告警通知。在企业中，为了确保业务的稳定性和可靠性，Prometheus告警规则非常重要。在企业中，不同的业务拥有不同的指标和告警规则。例如，对于ToC平台，需要监控订单量、库存、支付成功率等指标，以确保业务的正常运行。企业中通常会有多个环境，例如开发、测试、预生产和生产环境等。由于每个环境的特点不同，因此需要为每个环境制定不同的告警规则。
RNA-seq数据分析：生信实战指南
"《二代测序手册》是一本专门针对生物信息学分析的实用指南，尤其专注于RNA-seq数据的分析。这本书属于Chapman & Hall/CRC的数学与计算生物学系列，旨在综合介绍数学、统计和计算方法在生物学及医学中的应用。...
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