Linux下软件安装：Disopred3

1. 安装前的准备
   1. 从NCBI中下载BLAST 2.2.26 (https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/legacy.NOTSUPPORTED/2.2.26/)，注意不可下载BLAST+，因为该软件尚不支持BLAST+；
   2. 从Uniprot中下载Uniref90(fasta format) (https://www.uniprot.org/downloads)，文件20多G，下载时间会比较长；
   3. 从NCBI中下载matrices (https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/matrices/), 可以用 wget -r https://ftp.ncbi.nih.gov/blast/matrices/命令下载该文件；
   4. 从UCL中下载DISOPRED3 (http://bioinfadmin.cs.ucl.ac.uk/downloads/DISOPRED/DISOPRED3.16.tar.gz)和dso_lib (http://bioinfadmin.cs.ucl.ac.uk/downloads/DISOPRED/dso_lib.tar.gz)；
2. 安装过程
   1. 安装之前首先确认确实下载了BLAST 2.2.26，Uniref90，matrices，Disopred3和dso_lib五个文件。
   2. 安装
      1. 解压BLAST 2.2.26文件；[解压命令：tar -zxvf filename ]
      2. 解压uniref90.fasta.gz文件生成uniref90.fasta；[解压命令：gunzip uniref90.fasta.gz ]
      3. 格式化uniref90.fasta，该过程耗费时间较久；[格式化uniref90.fasta：format -i uniref90.fasta -p T -a F] 
      4. 新建名为~/.ncbirc的配置文件，并进行配置；[ 创建配置文件：touch ~/.ncbirc   输入下方内容(注意修改为自己的路径)]

         ; Start the section for BLAST configuration
         [BLAST]
         ; Specifies the path where BLAST databases are installed
         BLASTDB=/home/your_name/blastdb/uniref90
         BLASTMAT=/home/your_name/blastdb/
         ; Specifies the data sources to use for automatic resolution
         ; for sequence identifiers
         DATA_LOADERS=blastdb
         [NCBI]
         data=/home/your_name/blastdb/data

          

      5. 解压DISOPRED3文件，并将dso_lib文件替换DISOPRED3中的dso_lib；[ 解压DISOPRED3文件：tar -zxvf DISOPRED3.tar.gz   替换dso_lib文件：[① 删除DISOPRED3中的dso_lib文件：rm dso_lib   ②将dso_lib移动到DISOPRED3中：mv dso_lib DISOPRED3 (注意改为自己的路径)]]

      6. 安装DISOPRED3；[切换到DISOPRED：cd DISOPRED/src   安装命令：make clean      make install (运行这两条命令时分别会出现两行新的命令，运行出现的新命令即可；我安装中运行make install出现的两条新命令时会报错，因为已存在bin文件，因此我没有再去运行该两条命令)]
      7. 运行完第8步后会在bin文件夹中生成disopred2, diso_neu_net, diso_neighb, combine, svm-predict文件，表示安装成功。但有时在运行第8步时可能会遇到需要安装g++和gcc的情况，可运行[ sudo apt install g++   sudo apt install gcc ]命令安装g++和gcc

      8. 运行examples文件中的example.fasta文件进行测试；[ ./run_disopred.pl examples/example.fasta    运行结束会在examples文件中出现一个example.pbdat文件，查看该文件即可 [vi example.pbdat]]

3. 参考资料：

[1]. David T, Jones,Domenico, Cozzetto.DISOPRED3: precise disordered region predictions with annotated protein-binding activity.[J].Bioinformatics (Oxford, England),2015,31(6):857-63.

[2]. Kevin Kuang, https://kevinkuang.net/the-complete-guide-to-installing-disopred-3-mac-linux-a3f012e7d912/