安装一个不存在的R包

<生信交流与合作请关注公众号@生信探索> 需要用到DNA甲基化芯片的注释包IlluminaHumanMethylation450k.db,但是用BiocManager安装会报错“is not available”.

搜到了生信技能树的文章《如果这个R包真的不存在了肿么办》,但只谈到包被删除了之前是存在的...

https://cloud.tencent.com/developer/article/1508953

也就是说,这个包是被删除了,在 https://bioconductor.org/about/removed-packages/ 
可以看到是很早之前,就被删除了。
如何安装被移除的R包呢
这个其实跟我之前讲解的如何安装旧版R包有异曲同工之妙。

留给读者解决吧,相信你粉了我们生信技能树这么久,这一点实力,还是可以有的!

那就下载IlluminaHumanMethylation450k.db包的源码压缩包并安装。

https://www.bioconductor.org/packages//2.12/data/annotation/html/IlluminaHumanMethylation450k.db.html

alt
# 解压
tar -xf IlluminaHumanMethylation450k.db_2.0.7.tar.gz

提前安装依赖包

# 'BiocGenerics','S4Vectors','IRanges', 'Biobase', 'BiocGenerics', 'AnnotationDbi', 'org.Hs.eg.db', 'AnnotationForge'
# "bit", "plogr", "blob", "bit64", 'S4Vectors', 'RSQLite', 'DBI','RSQLite','remotes'

修改源代码

修改IlluminaHumanMethylation450k.db/R/zzz.R中的源码

AnnotationForge:::createSimpleBimap 
替换为下边的代码,因为报错找不到 cr
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