空间转录组实战01: SpaceRanger定量

探因科技

已于 2023-03-05 09:38:48 修改

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文章标签：程序人生

于 2023-03-05 09:11:01 首次发布

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本文档介绍了如何使用SpaceRanger进行空间转录组学分析，从安装软件到下载参考基因组索引和原始数据，再到运行SpaceRanger count进行定量。重点关注了不同样本类型的处理和关键输出文件的解读，为后续的scanpy和squidpy分析奠定了基础。

摘要由CSDN通过智能技术生成

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安装SpaceRanger

https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/downloads/latest

cd ~/APP
wget -O spaceranger-2.0.1.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/spatial-exp/spaceranger-2.0.1.tar.gz?Expires=1676232276&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cHM6Ly9jZi4xMHhnZW5vbWljcy5jb20vcmVsZWFzZXMvc3BhdGlhbC1leHAvc3BhY2VyYW5nZXItMi4wLjEudGFyLmd6IiwiQ29uZGl0aW9uIjp7IkRhdGVMZXNzVGhhbiI6eyJBV1M6RXBvY2hUaW1lIjoxNjc2MjMyMjc2fX19XX0_&Signature=D6VyUgHG8R0b0pJyGSGmQn2HbRURCTTQxokVTg7ePFFzG55vFKlcc2G2RPWIHa9twQ9x85MJ1SpHcqDzaWpFwja6PanzBNWGJobyS3fAdQcl6AF6OQ3bUXyVzmGPwlq1CyTuX4ptAG4G7l2LS6jetavvK6qFhhWcwWw5tlDCfOV-2klkug2QIN9qd5rVgaZNs6lYx7O1uOhNcyDIxZjn2PXSgatcmmOE7wN2O1hGjtyhq-RWyqPUmVghSGnqIvoKH3loiQTLWUJdrl7m3VCKWlElyIjyNt2jLhZ0AEagmlxTfXL9Q7K0dSBfnnU7lDhaw4a-tavB27SBMl-zKMROwQ__&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA"
tar -xf spaceranger-2.0.1.tar.gz
ln -s ~/APP/spaceranger-2.0.1/bin/spaceranger ~/APP/bin/spaceranger
export PATH=$HOME/APP/bin:$PATH