本文介绍了mNGS（元基因组测序）的SnakeMake工作流程，包括参考基因组下载、序列比对、质量控制、分类鉴定、组装、抗性基因识别和毒力因子预测等步骤。提供了流程代码链接、教程资源和输出结果解析，如Directed Acyclic Graph和Krona Plot。
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流程代码在：https://jihulab.com/BioQuest/SnakeMake-mNGS 或https://github.com/BioQuestX/SnakeMake-mNGS
教程链接在：https://doc.bioquest.cn/mngs
mNGS Pipeline summary
Metagenomic next-generation sequencing
Reference
Genome refence was download from Ensembl
Alignment
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Adapter trimming ( fastp) -
Aligner (
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