传染病研究-靶向下一代宏基因组测序（mNGS）分析

简介

在临床检测实验室，临床样品中病原体常规检测的范围包括鉴定培养中的微生物，如通过生化表型检测或基质辅助激光解吸/电离（MALDI）飞行时间质谱法，以及检测生物体特异性生物标记物，如抗原用乳胶凝集试验或酶联免疫吸附试验（ELISA）抗体试验，或用PCR对单个样本进行核酸试验。

但是通过这些检测方式一次只能检测一种或有限的病原体。通过靶向下一代宏基因组测序有针对性的检测方法有利于增加序列数据中病原体读取的数量和比例，可以提高对目标微生物的检测灵敏度。靶向NGS分析的方法有： 1. 使用高度保守的引物对临床样本中与特定类型相对应的所有微生物进行通用PCR扩增和检测，例如对细菌18S rRNA和16SrRNA进行基因扩增。2. 设计横跨基因组的引物，以促进PCR扩增和扩增，从而直接从临床样本中恢复病毒基因组。

应用领域

1. 鉴定病原微生物的种类，协助临床疾病诊断。
2. 监测病毒的变化情况，跟踪传染病病毒的演变和传播。
3. 随着对不同样本病原微生物的多样性分析，丰富临床样本数据，以表征抗生素耐药性分析。

在临床检测实验室，临床样品中病原体常规检测的范围包括鉴定培养中的微生物，如通过生化表型检测或基质辅助激光解吸/电离（MALDI）飞行时间质谱法，以及检测生物体特异性生物标记物，如抗原用乳胶凝集试验或酶联免疫吸附试验（ELISA）抗体试验，或用PCR对单个样本进行核酸试验。

但是通过这些检测方式一次只能检测一种或有限的病原体。通过靶向下一代宏基因组测序有针对性的检测方法有利于增加序列数据中病原体读取的数量和比例，可以提高对目标微生物的检测灵敏度。靶向NGS分析的方法有： 1. 使用高度保守的引物对临床样本中与特定类型相对应的所有微生物进行通用PCR扩增和检测，例如对细菌18S rRNA和16SrRNA进行基因扩增。2. 设计横跨基因组的引物，以促进PCR扩增和扩增，从而直接从临床样本中恢复病毒基因组。

靶向微生物基因组测序流程