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表观遗传
表观遗传
Keiji1102
这个作者很懒,什么都没留下…
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minfi:甲基化芯片数据分析
1.Introductionminfi包适用于分析450K和850K的甲基化矩阵。每个样本在一个矩阵上以两个不同的颜色通道(red、green)进行测量;每个矩阵测量4.5E5个CpG,对每个CpG的甲基化和未甲基化进行度量。样品之间的DNA甲基化差异可以在单个CpG处,称为差异甲基化位置(DMP),也可以在区域水平上,称为差异甲基化区域(DMR)。2.minfi object(1) R...原创 2020-01-19 22:16:18 · 6515 阅读 · 2 评论 -
methylKit:差异甲基化分析
1. 1Methylation输入格式coverage:覆盖这个位点的reads数目。freqC:甲基化C的比例freqT:非甲基化C的比例1.2 纯文本的读取:methReadfile.list是一个列表,里面的元素是每个文件名myobj = methRead(file.list, assembly = "hg19", sample.id = li...原创 2020-01-17 18:05:15 · 11032 阅读 · 4 评论 -
DSS:甲基化差异分析
输入数据格式上游分析进行bismark_methylation_extractor原创 2020-01-17 17:28:28 · 6277 阅读 · 3 评论 -
甲基化转化率计算
如何计算甲基化转化率?BS转化后需要加入一段已知lambdaDNA序列。比较sam文件中CT转换情况和lambdaDNA的ref原始碱基进行比较。工具:MethylExtractBSCR.pl下载链接:https://bioinfo2.ugr.es/MethylExtract/工具参数:perl MethylExtractBSCR.pl seqFile = <s...原创 2020-01-14 22:10:09 · 4496 阅读 · 0 评论 -
DNA甲基化比对:Bismark
建立基因组索引调用bowtie2,因为bowtie2支持插入缺失。bismark_genome_preparation --path_to_bowtie /usr/local/bowtie/ <path_to_genome_folder> 参考基因路径 --verbose 输出log信息比对bismark --bowtie2 -N 0 允许...原创 2020-01-09 22:25:52 · 8524 阅读 · 0 评论 -
DNA甲基化测序
甲基化在DNA序列不变,C碱基5号碳上加上甲基。一般情况,甲基化位点下游基因表达量减少。区分甲基化和非甲基化碱基亚硫酸氢根:甲基化C 保持不变;非甲基化C被转化为U。PCR新合成的DNA链:甲基化C,非甲基化T。区分羟甲基化和甲基化高锰酸钾:羟甲基化C — 甲酰化C + 亚硫酸氢根 — U糖基保护羟甲基化C。内参甲基化缺陷型的大肠杆菌或无甲基化的λDNA,目的是探究实验中C的...原创 2020-01-09 16:17:51 · 2044 阅读 · 0 评论