DNA甲基化测序

最新推荐文章于 2023-02-24 09:58:18 发布
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分类专栏： 表观遗传
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甲基化
在DNA序列不变，C碱基5号碳上加上甲基。一般情况，甲基化位点下游基因表达量减少。
在这里插入图片描述
区分甲基化和非甲基化碱基
亚硫酸氢根：
甲基化C 保持不变；非甲基化C被转化为U。
PCR新合成的DNA链：甲基化C，非甲基化T。
区分羟甲基化和甲基化
高锰酸钾：羟甲基化C — 甲酰化C + 亚硫酸氢根 — U
糖基保护羟甲基化C。

内参
甲基化缺陷型的大肠杆菌或无甲基化的λDNA，目的是探究实验中C的转化效率。

参考基因组处理

  1. 参考基因组的C改为T，还测序序列比对。
  2. 参考基因组的G变为A，和测序序列互补链比对。

甲基化的位置
几乎发生在CpG岛（70%启动子在这里）。会损害转录因子结合，稳定沉默基因表达。
发生在基因区间能抑制有害元件的表达。

BS-seq需要学习的软件
Bismark 甲基化比对
methylKit 差异甲基化分析

Keiji1102
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基因组规模DNA甲基化测序数据处理及其表观遗传分析.pdf
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一文读懂：DNA甲基化的作用及各种高通量检测方法比较
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DNA甲基化测序数据的分析流程及相关软件总结
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易基因 | 常用的6种DNA甲基化测序方法，你知道几个？
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什么是DNA甲基化？ 简单来说，DNA甲基化就是在DNA甲基化转移酶(DNMT)的作用下将甲基选择性地添加到胞嘧啶上形成5′-甲基胞嘧啶的过程。DNA甲基化是最早发现的基因表观修饰方式之一，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育和肿瘤发生发展中起着重要作用，是目前及未来很长一段时间的研究热点之一。 DNA甲基化测序 随着高通量测序技术的发展，我们能够从全基因组水平来分析5’-甲基胞嘧啶及组蛋白修饰等事件，发现很多基因组学研究发现不了的东西，这就是 “DNA甲基化测序”！且近年来测序成本的不断下降及
一文读懂DNA甲基化及BS-seq
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一、什么是DNA甲基化 DNA甲基化是一个生物过程，它会在在DNA分子中引入甲基化基团，但是甲基化并不会改变序列本身，而会改变DNA片段的活性。 在哺乳动物中，DNA甲基化对于正常发育必不可少，而且与很多生物学现象有密切联系，包括基因组印迹，X染色体失活，转座因子招募，衰老和致癌作用。 胞嘧啶甲基化是在真核生物和原核生物普遍存在的，而且甲基化的速率在物种之间有很大的差异。 最常见的是在胞嘧啶的5号碳位置，在酶和底物的作用下，引入一个甲基基团，变成了5甲基胞嘧啶（5mC），从而改变了它的活性。 腺嘌呤甲基化
精准DNA甲基化/羟甲基化测序（oxBS-seq）｜易基因技术推介
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大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。羟甲基化5hmC是哺乳动物基因组上的第六碱基，在发育、衰老、神经退行性疾病、复杂疾病及肿瘤发生过程中起重要作用。DNA羟甲基化是近年发现的一种新的DNA修饰并迅速成为研究热点。随着研究的深入，发现之前被认为是检测DNA甲基化标准的重亚硫酸盐测序并不能区分DNA甲基化（5mC）和DNA羟甲基化（5hmC）。易基因联合剑桥大学建立了化学氧化法结合重亚硫酸盐转化的测序技术（oxidative bisulfite sequencing, oxBS-Seq
DNA甲基化测序方法介绍
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2022最新：8种常用DNA甲基化测序技术，你知道几个？｜易基因
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易基因｜手把手教你做全基因组DNA甲基化测序分析
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全基因DNA甲基化检测“金标准”--- 改进版简化基因组甲基化测序
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亚硫酸盐转化被誉为DNA甲基化（5mC）检测的“金标准”，非甲基化胞嘧啶C在亚硫酸盐转化过程中转变为尿嘧啶U，进而通过PCR扩增转变为胸腺嘧啶T，甲基化mC维持不变，通过高通量测序精准检测每一碱基的甲基化修饰情况。 2008年，Alexander Meissner等通过MspI酶切基因组DNA，并跟亚硫酸盐转化相结合，通过高通量测序技术研究小鼠多能性干细胞和分化后细胞甲基化特征，建立基于“金标准”的简化基因组DNA甲基化测序技术（RRBS），相关成果发表于《自然》杂志。随后，在《方法》杂志发表技术文章，评估
大肠癌中Polo-like激酶1（PLK1）突变和DNA甲基化的探索
06-03
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pycoMeth:牛顿Nanopore DNA测序数据集的Nanopolish下游的DNA甲基化分析
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弃用通知现在不推荐使用此派生。 PycoMeth现在由通过以下URL进行维护和开发：
methylKit:用于DNA甲基化分析的R包
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methylKit是一个软件包，用于DNA甲基化分析和高通量亚硫酸氢盐测序的注释。 该软件包旨在处理及其变体的测序数据，还可以处理靶标捕获方法，例如序列。 此外，methylKit可以处理从Tab-seq或oxBS-seq获得的5hmC的碱基...
methpipe:用于从亚硫酸氢盐测序中分析DNA甲基化数据的管道
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易基因｜DNA甲基化研究的测序数据挖掘思路：干货分享
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02-24 595
其次，进行甲基化差异水平分析，筛选具体差异基因，包括DMC/DMR/DMG鉴定、DMC/DMR在基因组元件上的分布、DMC/DMR的TF结合分析、时序甲基化数据的分析策略、DMG的功能分析等。首先，进行整体全基因组甲基化变化的分析，包括平均甲基化水平变化、甲基化水平分布变化、降维分析、聚类分析、相关性分析等。不同物种中，甲基化修饰可能倾向于发生在不同类型的C位点上，该分析有助于反应甲基化发生位点类型的偏好性。如果实验设计包括多个时间节点，也可以比较相邻时间节点/感兴趣的时间节点之间的甲基化图谱的差异。
易基因 | 简化基因组DNA甲基化测序(RRBS)实验怎么做？
E_gene的博客
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早产后，未成熟的肠道功能和免疫功能必须迅速适应细菌定植和肠内喂养。作者为验证肠道表观遗传变化与早产及首次喂养时的肠道反应有关，以仔猪为模型，对早产猪和足月猪进行全肠外营养（TPN）或部分肠内喂养5天，然后用牛奶进行纯肠内喂养，直到第26天（断奶年龄）。比较分析早产猪和足月猪在第0天、第5天和第26天的肠道结构、功能、微生物组、DNA甲基组和基因表达（每组n=8）。...
易基因｜综述：单细胞DNA甲基化分析方法全介绍及未来发展前景预测
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易基因｜3文一览：简化甲基化测序（RRBS）技术优势及研究成果（医学+物种保护+农学）
E_gene的博客
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甲基化芯片450k 850k
最新发布
08-07
在450k芯片中，它使用了450,000个CpG位点进行测序，并检测每个位点上的DNA甲基化水平。而在850k芯片中，它使用了更多的位点进行测序，即850,000个CpG位点。因此，850k芯片相对于450k芯片而言具有更高的分辨率和检测...

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