UCSC寻找基因位置并用IGV画出基因转录示意图

寻找基因位置并寻找出基因转录示意图

我们这里教大家采用两种方法进行基因转录示意图的查找，一种是直接在UCSC里面进行查找，不过不够方便，并且背景有条纹。另一种是下载基因注释文件到IGV基因可视化软件里面，可以调整的东西更多并且更加明确，同时可以进行下一步操作。

寻找基因位置-UCSC

目前有几个数据库供大家使用，可我真正会使，而且非常方便使用的就是UCSC,下面是使用链接，各个功能的使用速度，真的是令人动容，而且服务器有亚洲服务器。哭了真的是在万军丛中，让我感动而哭（如果你体会到别的比如genebank根本找不到自己想要的，而且加载开vpn还需要一万年你就知道我为啥要哭了）。
UCSC网址

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• 1.进入以后选择你要查找的物种，我们以小鼠为例就是GRCm38/mm10

• 2.进入这个界面后直接在搜索框里搜索自己想要的基因（比如sox-2，也可以搜索Pou5f1）

• 3.直接根据所在染色体选取自己想要的就可以（记得选取上面的The Reference Sequence (RefSeq)，别选成下面的非小鼠的了）

• 4.这个时候就调整下面的可视化框，寻找自己想要的显示，在那个中间的框图里，把鼠标放上去会有淡绿色的高亮，右键可以选择hide掉自己不需要的视图，并且如果你想要的视角并不在图中间可以右键选择 zoom to 来进行调整，这个zoom to说实话我不太熟练，需要大家自己再摸索一下，毕竟我们这块主要是讲如何在UCSC里面搜索基因，可视化主要推荐的是下一种方法。
  

igv可视化

这个可视化步骤分为两个1.下载注释文件 2.定位到基因位点进行查看，第一步有时不用做，就是下载注释文件因为IGV里面存储了大部分常见物种的基因注释文件，不过有时不是最新版（因为最新版准确度不一定得到广泛认证）所以需要我们进行注释文件的下载和导入。

IGV里面先看眼有没有自己的注释文件

在左上角more那里点开选择more，选择自己的，如果有就跳过后两步，直接输入刚才在UCSC查到的基因位置（例chr6:122,707,568-122,714,633），但是有时候，搜到的基因位置什么也没有，因为采用的注释文件是久的，这时候我们还需要进行后两步，进行注释文件的手动更替。

下载注释文件

• 1.下载注在UCSC的download部分，我们要的是基因文件，所以在下图中高亮蓝的 GEnome data中
  

• 2.在Genome data 里面选择 mouse文件，或是你需要的物种文件，然后选取里面的Genome sequence files and select annotations (2bit, GTF, GC-content, etc) 链接
  

• 3.拉到下面选择genes/
  

• 4.还是拉到下面选择 mm10.ncbiRefSeq.gtf.gz，我估计别的也可以这个我也没有仔细研究只是看到NCBIRef就选了，我估计别的序列也可以。点击后就可以完成下载，下载的是gtf文件的压缩包，gtf，gtf3 都是基因注释文件的格式，下面我们转到IGV那边进行可视化的工作。
  

IGV导入注释文件

• 1.将文件进行解压，打开IGV

• 2.在上面选项栏中tools选项栏中打开 Run igvtools

• 3.在igvtools里面选择刚才的gtf文件，会生成一个gtf.tdf文件，这一步是进行排序
  

• 4.最后在上面的file选项栏，点load from file ，将刚才排过序的gtf.tdf文件导入，再跳到基因位置进行就可以看到可视化啦