IGV图片如何保存为矢量图

最新推荐文章于 2024-10-04 21:24:39 发布
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猛码先生
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图形化生物软件专题（2）：IGV
xxxie_的博客
06-23 1832
耳听为虚，眼见为实，很多时候我们需要用眼睛来亲自看一下发生了突变的SV。尤其是这些突变非常关键的时候。通过可视化进一步确认SV的可靠性是非常有必要的。IGV就是这样一款非常有用的基因组可视化工具。tablet只能用来看测序数据，而IGV除了能够查看每个位点的测序覆盖情况，同时也可以查看位点的突变情况，功能更加强大。 IGV Integrative Genomics Viewer 交互式基因组浏览器，它是一种高性能的可视化工具，用来交互式地探索大型综合基因组数据。它支持各种数据类型，包括array-base.
使用igvtools可视化测序深度分布
庐州月光的博客
03-13 3767
欢迎关注”生信修炼手册”!igvtools是最常用的NGS数据可视化工具之一，功能非常强大，可以展示序列比对，拷贝数变异，突变位点等多种数据的分布，网址如下https://softwar...
UCSC寻找基因位置并用IGV画出基因转录示意图
weixin_44760110的博客
03-01 6760
<h1 id="寻找基因位置并寻找出基因转录示意图">寻找基因位置并寻找出基因转录示意图</h1> <p>我们这里教大家采用两种方法进行基因转录示意图的查找，一种是直接在UCSC里面进行查找，不过不够
如何在文章中展示高清的IGV图片
ruiyan_hou的博客
05-30 514
网址： https://igvteam.github.io/igv-webapp/ https://igv.org/app/如果你需要在文章中展示感兴趣的区域，可以按住shift键进行选择，这时候，即使不同的区域之间有交叉，它也能清楚的给你显示出来，方便你在文章中展示。仔细看过很多发表的文章，如果它们想要展示igv的图，大部分都使用的是screenshot, 但是那样得到的图非常不清楚。但是如果使用igv-webapp就可以解决这个问题，因为它可以保存svg格式的图片，svg是矢量图，就是类似PDF的图，无
IGV——基因组可视化
import__的博客
09-09 3938
例如，查看转录组数据不同区域的Reads丰度，不同样本的基因表达差异，查找SNP位点，查看甲基化，查看基因结构信息。（3）如果在本地可视化，需要将 bam 和 bai 或 bigwig 文件从 linux 系统上传到本地，且放置在同一个文件夹下，如果服务器搭建有 ftp 站点则可以直接使用 url 载入，也可以将数据上传至可以接受外部访问的服务器（如 https://de.cyverse.org/dashboard ）上再使用 url 载入，具体可参考教程《通过 url 访问服务器文件》。
易基因 ｜ 生物信息学：igvtools 使用操作小技巧
E_gene的博客
08-12 3667
大家好，这里是易基因，此前我们已讲解许多关于RNA甲基化相关实验设计和研究思路套路，今天，我们来点新干货，从生物信息学分析的角度来独家解析MeRIP-Seq数据的分析利器——exome Peak。通过exomePeak包能够进行RNA甲基化位点peak鉴定、peak定量以及差异分析，一起来看看这款经典软件的内部原理吧。 关于exomePeak exomePeak是目前主流的MeRIP-seq(m6A-seq)分析工具。最初版本是由孟佳课题组基于MATLAB语言编写的，之后的新版本采用R语言编写，使得
比对查看工具IGV
11-11
The Integrative Genomics Viewer (IGV) is a high-performance visualization tool for interactive exploration of large, integrated genomic datasets. It supports a wide variety of data types, including array-based and next-generation sequence data, and genomic annotations.
IGV.rar_IE 插件_IE插件_IGV_ie plugin_插件
09-23
【标题】"IGV.rar" 是一个针对IE浏览器的插件，名为 "IE插件_IGV_ie plugin_插件"。这个插件的主要目的是增强IE浏览器的功能，提供更丰富的用户体验，尤其对于需要处理特定类型数据或访问特定服务的用户来说，它能够...
IGV_2.3.88.zip
07-14
3. **遗传变异分析**：在WGS或WES数据中，IGV有助于验证和注释变异，为疾病关联研究提供线索。 4. **癌症研究**：在肿瘤研究中，IGV可比较正常和肿瘤样本，识别驱动突变和拷贝数变化。 5. **教学与培训**：IGV的...
IGV自定义BLAT服务
08-18
用于建立BLAT服务，方便IGV调用
IGV使用说明
03-30
IGV（Integrative Genomics Viewer，综合基因组学查看器）是一款流行的可视化工具，用于基因组、转录组、变异和其他高通量测序数据的交互式浏览。它为研究人员提供了一个强大的平台，通过直观的图形界面展示复杂的...
IGV_2.3.88绘图软件压缩包下载
- 该标签也反映了IGV可以生成丰富的图表和图像，包括基因结构图、变异热图、覆盖度图等，这对于解读复杂的数据集和准备发表的科研成果至关重要。 4. 文件内容分析： - 根据提供的文件列表信息“IGV_2.3.88”，...
IGV变异可视化设置要点
learner_zyj的专栏
04-08 5723
IGV基因组浏览器（interactive genome visualization）是目前最常用的基因组学可视化工具，下面介绍一下NGS生信进行SNV、INDEL变异可视化的常用设置和操作。 点击菜单栏View-Preferences-Alignments，在Downsampling栏目，取消Downsample reads，或者下面两个文本框填入想要的reads数。 解释：Downsampling降采样，在高深度测序区域只显示部分reads，对于低频突变特别不友好，我甚至见过一个10几条reads支持的
保姆级 IGV 基因组浏览器使用指南（图文详解）
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Baimoc
08-06 4万+
一、软件下载 http://software.broadinstitute.org/software/igv/download 这里以下载 Windows 版本为例，下载带有 Java 的版本，方便安装。 由于大部分数据是通过服务器跑出的结果，所以也有小伙伴有在 Linux 服务器端使用的需求。这里推荐几种方式： 配合远程控制软件来使用，国产推荐 Todesk，向日葵 话说目前有部分单位禁止远程软件，推荐结合 Jupyter 来使用 建立 FTP 来通过 url 访问 建议最好安装在固态硬盘所在分
IGV可视化（导入自己的参考基因组和注释文件）
lyyaaaaa的博客
06-29 4174
值得注意的是导入自己的参考基因组并不能根据基因名去定位，所以需要导出基因所在的位置，根据位置去查询。点击File-->load from file加载.sorted.gtf。这里我加载的依然是hg19,只是示范流程，换成自己的参考基因组就行。此时看上去什么都没有，但是这时候选择一条具体的染色体就会出现东西。这步是创建索引，点Go创建索引，会多一个以idx结尾的文件。会多生成一个hg19.fa.fai文件。会多生成一个.sorted.gtf文件。注意查找基因的时候，后面冒号是英文。加载sorted.gtf。
IGV——基因组可视化：高阶教程
最新发布
import__的博客
10-04 1万+
由于网络或其他原因，载入内置参考基因组时可能会失败，此时可以在本地构建参考基因组，使用时从本地导入即可，该方法即使在没有网络的情况下也可以使用。：参考基因组的fasta文件，可以是一个文件包含了所有的染色体，也可以是一个目录，目录下每条染色体是一个单独的文件**（必须）**：染色体条带文件（可选）：基因结构注释文件，支持bed、gtf、genePred 3种格式（可选）alias file：别名，当fasta文件和基因结构中的染色体名称不同时，可以通过这个文件来进行映射（可选）通常情况下，只需要。
保存igv的信息，igvtools接口的使用：将igvtools查看bam文件的结果保存为txt文件，并提取信息
高端的博客
11-11 3904
igvtools算是非常权威的bam文件查看器，市面上就这么一款软件，暂时没发现功能表现类似的。 上面的图片通常是你打开bam文件的可视化结果，当你聚焦到某一个位置的时候，igvtools会告诉你这一列有多少A，T，C，G，N。现在你想保存这个信息到txt文件，什么，你想先找找软件有没这个功能？对不起，没有。通常你这里可以截个图就完成任务了。那么如果你想保存信息到txt文件其实是有办法的，不过需...
可视化工具之 IGV 使用方法
weixin_34124577的博客
06-21 9615
整合基因组浏览器(IGV)是一种高性能的可视化工具，用来交互式地探索大型综合基因组数据。它支持各种数据类型，包括array-based的和下一代测序的数据和基因注释。IGV这个工具很牛，发了NB： James T. Robinson, Helga Thorvaldsdóttir, Wendy Winckler, Mitchell Guttman, Eric S. Lander, Gad Getz...
基因组浏览器IGV的安装和图形解读
悟道西方
12-17 3583
IGV (Itegrative Genomics Viewer)是一款功能强大的综合性基因组学可视化工具，能够将基因组的变异情况进行可视化，因此广泛应用于基因组学的研究中。IGV的开...
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