基于MS的氢键分析脚本介绍

分子间氢键显著影响着聚合物链之间的相互作用。根据自由体积理论,分子间氢键的存在提高了聚合物分子链之间的引力,使得自由体积降低且聚合物达到临界自由体积分数所需要的能量升高。此外,分子链间的引力升高也导致分子链滞后损失增大,阻尼值也随之升高。因此在研究过程中,我们时常需要对氢键数目进行统计分析。

为了获得氢键的相关信息,我们首先要对结构进行动力学计算,MD模拟的求解过程通常包括以下四个步骤[81]: (1)选取合适的模型(包括力场的确定、系综的选取和边界条件的确定);(2)设定初始条件;(3)动力学演化(通过一系列动力学平衡过程使系统趋于稳定的平衡态)和统计计算物理量(包括原子平均动能和速度相关函数等)。力场是包含系统所有粒子间相互作用势的函数,是MD模拟结果可靠与否的首要因素。适合聚合物体系的力场包括PCFF、CVFF、DREIDING、COMPASS。为了确保模拟体系各原子所受合力一致和密度的均一稳定分布,引入统计热力学中的系综概念,在实际工作中经常遇到的则是正则(NVT)或者等温等压(NPT)系综。通过引入热浴(Brendsen、Anderson和Nose-Hoover等)实现对动力学模拟过程中温度的控制,从而使体系能够在NVT或NPT系综下实现MD模拟。

在动力学计算结束之后,我们就可以对氢键的相关性质进行分析。如最后一帧氢键数目,每一个氢键的长度,氢键角度等。

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Material Studio是一个用于材料模拟和计算的软件平台,其中包含了多种计算工具和脚本。其中一个脚本用于计算氢键的相关性质。 氢键是一种特殊的化学键,它是由氢与其他原子形成的弱键。氢键的计算对于研究分子间相互作用、物质性质以及结构确定具有重要意义。 Material Studio使用的氢键计算脚本可以通过以下步骤进行操作: 1. 准备输入文件:首先,需要准备一个包含要计算氢键的分子结构的输入文件,可以是.pdb或.cif格式。确保输入文件的几何结构是准确的。 2. 打开Material Studio:启动Material Studio软件,并确定所需计算工具在"计算模块"中是否可用。 3. 导入分子结构:使用"文件"菜单中的"导入"选项,将已准备好的输入文件导入到Material Studio中。确保分子结构被正确加载并显示在屏幕上。 4. 配置计算参数:选择"计算模块"中的"氢键计算"工具,并打开相应的参数设置界面。在此界面中,可以设置氢键计算的具体参数,如截断半径、键能和键长等。 5. 运行计算:配置完参数后,点击"运行计算"按钮开始进行氢键计算。计算过程可能需要一些时间,具体时间取决于所选的计算方法和输入文件的大小。 6. 结果分析:计算完成后,Material Studio将生成一个包含氢键计算结果的输出文件。可以使用工具栏上的分析功能来查看和解释计算结果,如氢键的类型、强度和方向等。 Material Studio氢键计算脚本提供了一种方便和高效的方法来研究氢键的特性。通过进行氢键计算,我们可以更好地理解分子间相互作用,从而对于材料的设计和性质预测提供支持。
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