球花石斛基因组-文献精读102

Dendrobium thyrsiflorum genome and its molecular insights into genes involved in important horticultural traits

球花石斛 (Dendrobium thyrsiflorum) 基因组及其在重要园艺性状中涉及的基因的分子解析

摘要

兰花具有重要的观赏价值，尤其受到园艺爱好者的高度重视。由于其巨大的商业价值以及花色和形态的广泛多样性，许多石斛属（Dendrobium）物种得到了广泛种植（Teixeira da Silva 等，2014）。球花石斛（Dendrobium thyrsiflorum）以其白色花朵、黄色唇瓣和球形花序（图1a）为特征，是一种具有代表性的物种。我们对其基因组进行了测序，为其特征和进化背景提供了深入的见解。对球花石斛不同花段（图1b）的转录组分析揭示了与花色、花形和衰老相关的表达模式。此外，我们还鉴定并表征了与重要园艺性状相关的基因，包括花发育和环境适应性。这项基因组研究为球花石斛经济园艺价值的重大创新提供了宝贵的视角，并为石斛的栽培提供了重要的基因组数据。

(a) 花序和盛开的花朵展示了白色花瓣和黄色唇瓣。(b) 基因组特征和假染色体，从内到外：染色体、基因密度、DNA类型重复序列密度、Copia密度、Gypsy密度、SINE和LINE密度。(c) 被子植物间的分歧时间估计，包括石斛属物种。(d) MCscanX图，比较了大花石斛、球花石斛和金色石斛。(e) 显示不同花发育阶段的照片，并附有解剖图。(f) 参与类胡萝卜素和类黄酮合成途径的基因表达水平。(g) 黄色唇瓣形成的分子机制模型。(h) 乙烯合成与乙烯信号转导途径中基因的表达水平。(i) 在衰老过程中，乙烯相关基因的变化模式。

球花石斛（Dendrobium thyrsiflorum）的基因组大小约为1.438 Gb，异质性率为2.15%，这是通过17-mer分析得到的（图S1和表S1）。利用PacBio测序和高通量染色体构象捕获（Hi-C）技术，我们完成了1.427 Gb的最终组装（占基因组的99.51%），并将其组织为20条假染色体（2N = 2X = 40）（图S2和表S2–S4），N50值为72.88 Mb。观察到基因密度向染色体末端增加，而非编码元件则呈现下降趋势（图1c和表S5）。使用基准通用单拷贝直系同源基因（BUSCO）评估表明，组装的基因组完整度为97.5%（表S6）。重复序列约占球花石斛基因组的70.64%（表S7）。我们注释了28,702个编码蛋白的基因（表S8–S10），此外还注释了非编码RNA基因（表S11），其中包括319个微小RNA（miRNA）基因和534个核糖体RNA（rRNA）基因。

萜类生物合成基因的扩展增强了萜类化合物的多样性（表S12和图1d）。与其他测序的石斛属物种相比，我们识别了247个显著选择的基因（表S13和S14）。我们的分析显示，编码毒克草还原酶（dth.13G01329.1）的基因与生物碱合成相关，提示它们可能是研究石斛属植物间生物碱成分差异的候选基因。值得注意的是，在石斛属中未检测到全基因组重复事件（图S3）。在球花石斛中，第20染色体源自第9染色体的近中期，三个石斛属物种的祖先共享这一区域（图1e）。与C. sinense 和D. thyrsiflorum 相比，第20染色体表现出高度保守，没有显著的结构变化（图S4）。这表明，第20染色体的存在反映了球花石斛的祖先状态；它与第9染色体的融合发生在与大花石斛和金色石斛的祖先分歧之后。

球花石斛的花朵以白色花瓣和黄色至橙色唇瓣为特征，这一特点在美学上备受推崇（图1a,b）。黄色的形成与类胡萝卜素密切相关（Watkins 和 Pogson，2020）。CrtP酶主要促进从植物胡萝卜素到番茄红素的转化（图1f）。在球花石斛中，CrtP样基因dth.16G00352.1在花色发育的关键阶段（阶段2和3）在唇瓣中显著上调，表明它在黄色唇瓣的形成中起着关键作用。ZDS基因的缺失导致了色素的丧失（Avendaño-Vázquez 等，2014）。同样，crtH功能缺失会导致番茄中前番茄红素的积累，改变其色彩（Isaacson 等，2002）。在ZDS和crtH的同源基因中，一个ZDS样基因dth.11G01227.1和两个crtH样基因dth.12G00312.1、dth.17G01686.1在唇瓣的阶段2、3和4中表现出显著的高表达（图1f），表明它们在类胡萝卜素合成与黄色唇瓣的色素形成中具有重要作用。在甘蓝中，两个同源基因BjA02.PC1和BjB04.PC2促进类胡萝卜素富集的质体小体（PGs）的发育，导致黄色花卉色素的产生（Li 等，2023）。这些基因的突变导致花朵变白。在球花石斛中也观察到了类似的表达模式，其中两个BjPC样基因dth.06G00155.1和dth.19G01519.1在关键着色阶段的唇瓣中表现出显著的差异表达（图1f），进一步证明它们在类胡萝卜素代谢中的重要性。值得注意的黄色次生代谢物包括4,2′,4′,6′‐四羟基查尔酮、异沙利普苷和金黄色素（Teixeira da Silva 等，2014）。基因表达分析揭示了几种与合成相关的基因表现出较高的表达水平（图1f），包括AS1样基因dth.16G00457.1以及CHI家族中的基因，如dth.09G02022.1和dth.18G01034.1。这些基因的表达是球花石斛黄色唇瓣形成的原因（图1g）。

球花石斛的开花期相对较短，限制了其经济价值。乙烯，作为一种重要的激素，在花朵衰老过程中起着重要作用。在我们的研究中，我们鉴定了乙烯合成和信号转导途径中的基因，观察到不同基因拷贝在不同器官中的特异性表达。这表明这些同源基因在不同花部中具有不同的功能作用（图1h）。在密花石斛花朵中也观察到类似的表达模式。我们进一步探索了MADS-box家族基因，这一家族在花发育中具有重要作用（Mondragón-Palomino 和 Theißen，2009）。我们构建了系统发育树并评估了球花石斛中MADS-box基因的表达（图S5），发现A类、D类和SVP类的基因拷贝数较大，而Phalaenopsis或Apostasia中相应类群的拷贝数较少。相比之下，球花石斛在Bs、SOC1和AGL6类中的拷贝数较少，表明MADS-box基因在花发育中的作用较为复杂，并非完全由基因拷贝数决定。在环境应激反应的背景下，挥发性萜烯对于石斛属植物在寒冷、高温和水分短缺等多种应激条件下的生存至关重要（Yu 等，2020）。我们的研究表明，D. thyrsiflorum中A亚群TPS-b在单子叶植物特有的亚群中发挥了重要作用，有助于TPS家族的多样化，并影响次生代谢物的产生（图S5）。