关于反应中心识别的一个问题解决办法

from rdkit import Chem

sub_smi = r'C[C@@]12CCC(=O)C=C2CC[C@@]3([H])[C@]4([H])CC[C@@]([H])([C@@]4(C)CC[C@@]31[H])O'
pro_smi = r'CC12CCC(=O)C=C2CCC3C1CCC4(C)C(CC(C34)O)O'
sub_mol = Chem.MolFromSmiles(sub_smi, sanitize=0)
pro_mol = Chem.MolFromSmiles(pro_smi, sanitize=0)
sub_smi = Chem.MolToSmiles(sub_mol, isomericSmiles=0, canonical=0)
pro_smi = Chem.MolToSmiles(pro_mol, isomericSmiles=0, canonical=0)
rdt_input = str(sub_smi+'>>'+pro_smi)
print(rdt_input)

return反应原子id（索引）（从0开始），判断标准如下：

degree改变（degree是连接数，受是否H隐藏影响）；

键链接的邻居改变；

未map的原子；

与未map原子连接的原子

原子序数变化的原子（除非相应的产物原子隐藏）

 

GetIdx()获取原子的索引

GetSymbol()获取原子符号