分子动力学模拟学习1-采用AmberTools21的MCPB.py构建金属蛋白的top文件

1. 准备金属蛋白的PDB文件和金属离子的PDB文件：这里以一个含有铜离子和肽段底物的金属酶为例，此完整复合物是由Autodock4半柔性对接得到，经过PyMol处理后得到了文件Enzyme.pdb和CU.pdb。

2. 下载metalpbd2mol2.py文件。AmberTools环境下，运行命令

python metalpdb2mol2.py -i CU.pdb -o CU.mol2 -c 1     #-c指定金属离子电荷；将CU.pbd转换为CU.mol2

 3. 对Enzyme.pdb进行去氢处理

reduce -Trim Enzyme.pdb > Enzyme_removeH.pdb     #直接加氢有时候会出现不对的情况，因此先去掉蛋白上的所有H原子，再在后面加上所有的H原子）

4. 对Enzyme.pbd进行加氢处理

pdb4amber -i Enzyme_removeH.pdb -o Enzyme_fixed_H.pdb --reduce --dry

因为此例中酶的活性中心两个半胱氨酸和铜形成了配位键，因此CYS上巯基的H应该是没有的。所以我们应该在Enzyme_fixed_H.pdb中将半胱氨酸巯基上的HG氢删掉，如果不确定的话可以在PyMol中删除，并将CYS重命名为CYM

5. 将Enzyme_fixed_H.pdb和CU.pdb整合

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