AmberTools21能量优化控制文件参数说明

Stage 1 - minimisation of lp1
&cntrl

ntr=1,

restraint_wt=500.0,

restraintmask=":2,3,6,7,9,10,13,14,16,17,20,21,24,40,43,47,51,54,55,58,61,62,72,73,76,77,79,80,83,84,86,87,90,91,94,110,113,117,121,124,125,128,131,132",

imin=1, maxcyc=5000, ncyc=500,

cut=999., rgbmax=999.,igb=1, ntb=0,
  
ntpr=100
/

1.文件首行是说明，说明这项任务的基本情况； &cntrl与/之间的部分是模拟的参数

2.其中imin=1表示任务是能量优化，maxcyc=5000表示能量优化共进行5000步，ncyc=500表示在整个能量优化的5000步中，前 500步采用最陡下降法，在500步之后转换为共轭梯度法，如果模拟的时候不希望进行方法的转换，可以再加入另一个关键词NTMIN，如果NTMIN =0则全程使用共轭梯度法，NTMIN=2则全程使用最陡下降法，此外还有=3和=4的选项，分别是xmin法和lmod法，具体情况可以看手册。

3.cut=999表示非键相互作用的截断值，单位是埃， ntb=1表示使用周期边界条件，这个选项要和前面生成的拓扑文件坐标文件相匹配，如果前面加溶剂时候用的是盒子水，就设置ntb=1，如果加的是层水，那就应该选择ntb=0；

4.ntr=1表示在能量优化的过程中要约束一些原子。

4.restraint_wt=500.0限定了约束的力常数，在这里约束原子就是把原子用一根弹簧拉在固定的位置上，一旦原子偏离固定的位置，系统就会给他施加一个回复力，偏离的越远，回复力越大，回复力就是由这个力常数决定的，单位是Kcal/(mol*A)。 restraintmask='XXX’表示约束残基

借鉴：https://blog.csdn.net/rogerzhanglijie/article/details/8900010

$AMBERHOME/bin/sander -O -i min1.in -o min1.out -p lp1.prmtop -c lp1.rst7 -r min1.ncrst -ref lp1.rst7

prmtop ：molecular topology， force field， atom and residue names
inpcrd ： initial coordinates
rstrt ： final coordinates and velocities
refc ： reference coords for position restraints