深度学习||医学图像||利用FSL软件对nii图像批量去颅骨||bash实现||Linux系统

FSL软件可以为nii图像去颅骨，但是只能一个个手动拖，这样很麻烦。

利用bash操作可以按批次去颅骨。

#!/bin/bash

# 设置输入和输出目录
input_dir="/home/input"
output_dir="/home/output"

# 遍历输入目录中的所有文件
for file in ${input_dir}/*; do
    echo "Processing: ${file}"
    # 提取文件名和扩展名
    filename=$(basename "$file")
    extension="${filename##*.}"

    # 检查文件扩展名是否是图像文件（如.nii.gz）
    if [[ "$extension" == "gz" ]]; then
        # 构建输出文件路径
        output_file="${output_dir}/${filename%.nii.gz}_brain.nii.gz"

        # 使用bet命令进行脑提取
        bet "$file" "$output_file" -R -f 0.5

        echo "Finished processing ${filename}"
    fi
done

1.将以上代码粘贴到一个新文件中，并将其保存为batch_bet.sh（或者任意其他名称）。
2.在脚本中的input_dir处指定包含输入图像的目录路径。
3.在脚本中的output_dir处指定保存输出图像的目录路径。
4.打开终端，并导航到包含该脚本的目录。
5.运行以下命令，赋予脚本执行权限：

chmod +x batch_bet.sh

6.执行脚本，运行批量脑提取：

./batch_bet.sh

7.成功会显示，

可能存在的bug：

1.没有赋予权限，可以用下面代码做检查。

ls -l batch_bet.sh

2.路径错误。
3.文件后缀名不是gz而是nii

if [[ "$extension" == "nii" ]]; then