fsl批处理脚本

具体情况因人而异

#!/bin/bash
#touch processgo.sh
filelist=`ls /root/user/xiangyademo1/control_DTI_mriconvert/`
for dir in ${filelist};do
     if [ -d ${dir} ];then
         echo $dir
         cd ${dir}
         name=$(find *.nii)
     #echo ${name%.*}
     fslroi ${name%.*} b0 0 1
     b0=$(find b0.nii.gz)
     bet2 $b0 nodif_brain -m -f 0.2
     eddy_correct ${name%.*} data 0
     bvecs=$(find *_bvecs)
     bvals=$(find *_bvals)
     dtifit --data=data.nii.gz --out=data --mask=nodif_brain_mask.nii.gz --     bvecs=$bvecs --bvals=$bvals
         cd ..
     fi
done