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❞mzbj0002
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今天分享一篇FII
上近期发表的文章,内容还是比较简单的,大家可以简单学习一下。(CNS大佬就略过哈~)
❝值得注意是是,这篇文章的作者的分析和绘图是在
❞SPSS
和GraphPad Prism
上完成的,至于生信部分则是在悟空云平台
上完成的,PPI
则是常规的string
+cytoscape
。可见,简单的生信分析用别人造好的轮子也未尝不可。
❝「Title:」 Serum Proteomic Analysis Identifies SAA1, FGA, SAP, and CETP as New Biomarkers for Eosinophilic Granulomatosis With Polyangiitis
「Link:」 https://doi.org/10.3389/fimmu.2022.866035
「期刊:」 Frontiers in Immunology
「2021IF:」 8.786
「Received:」 30 January 2022; 「Accepted:」 06 May 2022;「Published:」 10 June 2022.
❞
研究目的
寻找早期诊断嗜酸性肉芽肿性多血管炎
(EGPA,Eosinophilic granulomatosis with polyangiitis)的血清生物标志物
,并将EGPA
与严重哮喘
区分开来。
流程图
![3243c551c9cb21c3c09cf89f7728833e.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/9974c001d0dfc2dfe8222135e9e4daeb.png)
116个血浆样本分为两个队列 :发现队列和验证队列。包括58例EGPA,33例严重哮喘病人和25例健康患者对照。发现队列用DIA质谱技术,验证队列用PRM质谱技术。
❝关于不同的质谱技术的差别,大家可以自行搜索。简单来说DIA用于获得完整的数据,实现蛋白质的深度覆盖和精准定量。而PRM则可以基于DIA建的库对目标蛋白进行靶向检测和验证。
❞
蛋白差异分析
相关分析
做质控
就不说了。之后对三组做了PCA
,然后两两分组间做了差异分析
,主图用了火山图
进行展示。这里的差异分析用的t检验
,B-H
法计算FDR
。注意,以上分析都是在发现队列
中做的,为了找maker
蛋白。
![aaf6089be3c744dfb77d4dd78fd96a12.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/56e052a2e0c3b1f03380c3a49e517c6a.png)
找到候选靶蛋白
接下来,作者直接一套GO富集
+KEGG富集
+PPI
组合拳打下来,找到主要富集通路
的23个差异蛋白作为候选靶蛋白。
![7527f968575171bc490488f62743de81.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/1789e46c2e4967aa28bcf5edad9ac706.png)
候选靶蛋白的验证和评估
在验证队列
中发现候选靶蛋白中只有有4个蛋白与发现队列保持一致,然后作者就选了这4个蛋白进行验证。(这也是蛋白质组的一个通病,不同批次的结果往往不太一致,甚至蛋白种类和数量都有差别,不易重复。)
然后,作者就在验证队列中,对这4个蛋白进行统计分析,这里用没有箱子的箱线图展示。紧接着,作者对这4种蛋白各种组合进行了简单的ROC
分析,展示了几个AUC
比较高的ROC
曲线图。(为什么不建几个简单的机器学习模型呢?)
![8dd0f859ad01a4500fc1d27c3436c591.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/1b6e7d0754345200cbbe683528630181.png)
后面就是丰满一下要讲的故事
这里作者挑个了临床参数(嗜酸性粒细胞计数)和这4个蛋白做了相关分析。这里用了非参数的 Spearman
相关分析。至于Pearson
和Spearman
各自的适用范围,大家可以自行查询,亦可在我们的交流群
里交流讨论。
![0ea15f4dbe95cac68aa20774cb7a3480.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/01c1741122b6c81933d5fd9cf9f70883.png)
「讨论部分」,先讲了一下找到疾病诊断标志物的必要性。然后,介绍一下最后验证的4种靶蛋白。简单说一下不足的地方和后面的计划,比如作者这里就说需要在更大的队列中用其它方式进行验证,如ELISA
等。当然,我们自己做的话最好直接加上ELISA
或者WB
验证。
总结
以上就是全部内容了,套路还是比较简单的。当然,罕见病例的大量样本组学测序本身就劝退很多人了。再加几个组学丰富一下故事还是有机会冲击高分的。
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![678bd9ca2272b41b4d7938d4a435fc0e.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/5cd5d45291f9e0eba31a5cd3318d16fa.png)
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