蛋白质组学与转录组学联合分析

简介

蛋白质是生物体最终的功能执行着，其含量随着生物体的生长、环境应激反应、疾病发生发展的过程不断变化，因此，对蛋白质的解析意义重大。转录组是连接基因组和蛋白质组的中间模块，从DNA转录成mRNA，再翻译成蛋白质的过程中，涉及到一整套精细的表达调控机制，如转录调控，转录后调控，翻译调控，翻译后调控等。研究表明转录组和蛋白质组的相关系数并不高，表明在这个过程中，翻译和翻译后调控对蛋白质的表达具有非常重要的调控作用。

蛋白质组学与转录组学联合分析， 就是通过对转录组数据和和蛋白质组数据进行联合分析，挖掘mRNA与蛋白的表达水平，充分利用转录组和蛋白质组研究的差异性和互补性，对基因的表达水平进行全方位的衡量，以获得基因表达各个步骤表达和调控的全景图，发掘常规单个组学未能发现的新结果。全面探究生物体疾病机理，生长发育机制等。

蛋白质组学与转录组学联合分析一般分析流程

主要分析内容

• 定性关联分析
• 共有基因分析
• 转录组与蛋白组定量关联分析。
• mRNA与蛋白表达趋势一致的基因pathway分析。
• mRNA与蛋白表达趋势相反的基因pathway分析。
• 蛋白表达无变化，对差异表达mRNA对应的基因进行pathway分析。
• mRNA表达无变化，对差异表达蛋白对应的基因进行pathway分析。
• 转录组与蛋白组表达模式分析。
• 蛋白相互作用网络分析。

应用示例

人类结肠癌的蛋白基因组分析揭示了新的治疗机会

Proteogenomic Analysis of Human Colon Cancer Reveals New Therapeutic Opportunities
文章链接 https://www.sci-hub.ren/10.1016/j.cell.2019.03.030

蛋白组学与多组学联合分析，揭示Rb的磷酸化与结肠癌的进程密切相关并可作为治疗靶点