LAMMPS技巧---空间划分及分区统计
1、分区思想
在MD计算中,通常需要统计局部区域的信息并绘制图像分析,如何获取体系局部信息呢?
将体系空间划分,分区域统计所需要的信息是非常有用的方法。下面以Ar块为例,我想分析中间层的能量情况,如下分区域并统计区域内原子的能量,进而绘制能量分布云图。
2、空间划分
两种方法:
(1)编程,可参考师兄博客 《Lammps空间划分——识别气泡、三维裂隙》.
(2)lammps自带的命令
compute layers all chunk/atom bin/3d x lower 5 y lower 5 z lower 5 units box #xz面的中间切
fix 1 all ave/chunk 10 100 1000 layers c_1 file ke.data # 统计动能
fix 2 all ave/chunk 10 100 1000 layers c_2 file pe.data # 统计势能
compute chunk/atom就是将体系进行分区
fix ave/chunk将计算参数导出
Pe计算结果如下: 我们只需要取对应的块的参数即可。。。