LAMMPS技巧---空间划分及分区统计

1、分区思想

在MD计算中，通常需要统计局部区域的信息并绘制图像分析，如何获取体系局部信息呢？

将体系空间划分，分区域统计所需要的信息是非常有用的方法。下面以Ar块为例，我想分析中间层的能量情况，如下分区域并统计区域内原子的能量，进而绘制能量分布云图。

2、空间划分

两种方法：
（1）编程，可参考师兄博客 《Lammps空间划分——识别气泡、三维裂隙》.
（2）lammps自带的命令

compute layers all chunk/atom bin/3d x lower 5 y lower 5 z lower 5 units box             #xz面的中间切
fix 1 all ave/chunk 10 100 1000 layers c_1 file ke.data        # 统计动能
fix 2 all ave/chunk 10 100 1000 layers c_2 file pe.data        # 统计势能

compute chunk/atom就是将体系进行分区
fix ave/chunk将计算参数导出
Pe计算结果如下： 我们只需要取对应的块的参数即可。。。

3、云图绘制结果