c使用htslib库按奇偶行输出bam文件的内容

最新推荐文章于 2023-07-04 09:19:10 发布

木子木木夕然

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分类专栏：生信工具生物信息学 samtools 文章标签： c语言生物信息学

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该程序演示了如何利用htslib库读取bam文件，并根据奇偶行将其内容分别写入两个不同的输出文件。通过sam_read1和sam_write1等api，实现了对bam文件的处理。程序首先打开输入和输出文件，然后逐行读取bam文件，依据行号的奇偶性决定写入哪个输出文件。

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c使用htslib库按奇偶行输出bam文件的内容

处理bam文件的时候，为了完成自己的需求，需要编写程序，调用htslib库中的api完成相应的功能。
bam文件是以二进制形式存储的文件，与普通的文件不同，所以在处理bam文件的时候，不能把它当做普通文件一样处理，需要利用htslib里的api对它进行操作。以下就是实现本次需求的代码。

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include "htslib/sam.h"

#define bam_is_read1(b) (((b)->core.flag&BAM_FREAD1) != 0)
  
int main(int argc,char **argv)
{

    bam_hdr_t *header;
    bam1_t *aln = bam_init1();
    
    samFile *in = sam_open(argv[1], "r");
    htsFile *outR1 = hts_open(argv[2], "wb");
    htsFile *outR2 = hts_open(argv[3], "wb");
    
    header = sam_hdr_read(in);
    if (sam_hdr_write(outR1, header) < 0) {
        fprintf(stderr, "Error writing output.\n");
        exit(-1);
    }
    if (sam_hdr_write(outR2, header) < 0) {
        fprintf(stderr, "Error writing output.\n");
        exit(-1);
    }
    
    int i=1;
    while (sam_read1(in, header, aln) >= 0) {
    	
        if (i%2 != 0){
            int a=sam_write1(outR1, header, aln);
        }
		else{
			int a=sam_write1(outR2, header, aln);
		} 
        i++;
    }
    sam_close(in);
    sam_close(outR1);
    sam_close(outR2);
}

这是原本bam文件中的内容。
在这里插入图片描述编译执行程序之后，可以查看生成文件中的内容。

对于程序中用到的api，可以在samtools中的bam.h文件中找到相应的说明，也可以去下面给出的网站上查看http://samtools.sourceforge.net/samtools/masterTOC.shtml。