FastQC安装以及试用

FastQC是一个java程序，能够用于给出测序数据的QC报告，报告中会同时给出上述几个方面的数据图，并提示原来的数据可能还存在着哪些问题，它可以很好地帮助我们理解测序数据的质量情况。
使用FastQC需要先有java的环境，在Ubuntu中先使用wget获取安装包（https://download.oracle.com/java/17/latest/jdk-17_linux-x64_bin.tar.gz）。

解压之后需要配置环境变量，用自己的安装路径设置JAVA_HOME。

(base) bigda@DESKTOP-FA3U56T:~$ export JAVA_HOME=/home/bigda/jdk-17
(base) bigda@DESKTOP-FA3U56T:~$ export JRE_HOME=$JAVA_HOME/jre
(base) bigda@DESKTOP-FA3U56T:~$ export CLASSPATH=.:$CLASSPATH:$JAVA_HOME/lib:$JRE_HOME/lib
(base) bigda@DESKTOP-FA3U56T:~$ export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin:$JRE_HOME/bin

完成之后查看一下java的版本，能够查看说明配置完成。

然后去下载FastQC的压缩包（http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.8.zip），使用wget下载完成后解压，再修改文件夹中fastqc的权限，就可以运行了。

(base) bigda@DESKTOP-FA3U56T:~$ unzip fastqc_v0.11.8.zip
(base) bigda@DESKTOP-FA3U56T:~$ cd FastQC
(base) bigda@DESKTOP-FA3U56T:~/FastQC$ chmod 755 fastqc

修改权限就可以看到fastqc从之前的灰色，变成了绿色。

完成后尝试运行，运行的时候，需要给出fastqc文件详细的路径。

等待运行完成后，会在同目录下生成html和zip文件。

在打开html文件，就可以直观的看到结果。