bam文件flag的含义

我们可以从https://github.com/samtools/hts-specs上下载SAMv1.pdf文件，这里面有对sam文件以及bam文件的详细说明。在bam文件格式中定义了各种flag代表的意思。

/*! @abstract the read is paired in sequencing, no matter whether it is mapped in a pair */
#define BAM_FPAIRED        1
/*! @abstract the read is mapped in a proper pair */
#define BAM_FPROPER_PAIR   2
/*! @abstract the read itself is unmapped; conflictive with BAM_FPROPER_PAIR */
#define BAM_FUNMAP         4
/*! @abstract the mate is unmapped */
#define BAM_FMUNMAP        8
/*! @abstract the read is mapped to the reverse strand */
#define BAM_FREVERSE      16
/*! @abstract the mate is mapped to the reverse strand */
#define BAM_FMREVERSE     32
/*! @abstract this is read1 */
#define BAM_FREAD1        64
/*! @abstract this is read2 */
#define BAM_FREAD2       128
/*! @abstract not primary alignment */
#define BAM_FSECONDARY   256
/*! @abstract QC failure */
#define BAM_FQCFAIL      512
/*! @abstract optical or PCR duplicate */
#define BAM_FDUP        1024
/*! @abstract supplementary alignment */
#define BAM_FSUPPLEMENTARY 2048

1 ： 代表这个序列采用的是PE双端测序
2： 代表这个序列和参考序列完全匹配，没有插入缺失
4： 代表这个序列没有mapping到参考序列上
8： 代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上，比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上
16：代表这个序列比对到参考序列的负链上
32 ：代表这个序列对应的另一端序列比对到参考序列的负链上
64 ： 代表这个序列是R1端序列， read1;
128 : 代表这个序列是R2端序列，read2；
256： 代表这个序列不是主要的比对，一条序列可能比对到参考序列的多个位置，只有一个是首要的比对位置，其他都是次要的
512： 代表这个序列在QC时失败了，被过滤不掉了（# 这个标签不常用）
1024: 代表这个序列是PCR重复序列（#这个标签不常用）
2048: 代表这个序列是补充的比对

在实际使用中，我们可以使用samtools flag xxx命令查看flag字段的含义。

对照上面的详细说明，就可以找出flag为419的构成与详细的含义。
PAIRED 代表这条序列采用双端测序， 其值为1；
PROPER_PAIR 代表这条序列完全匹配， 其值为2；
MREVRSE 代表这条序列对应的另一端序列比对到参考序列的负链上，其值为32；
READ2 代表这条序列是R2端序列，其值为128；
SECONDARY 代表这条序列不是primary alignment, 其值为256。

也可以在网站https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html。查询flag的含义。