python scanpy pl.heatmap 热图自定义修改

李子树下mini

已于 2022-05-27 16:54:08 修改

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分类专栏： python R语言基础/画图等文章标签： python

于 2022-05-26 12:09:49 首次发布

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I get:
在这里插入图片描述
I want:

想要去除gene label，隐藏group label。

ax_list = sc.pl.rank_genes_groups_heatmap(adata, n_genes=5,key="wilcoxon", groupby=CellType, show_gene_labels=False,use_raw=False,dendrogram=False,
                                swap_axes=True,save="/DE/test.png",show=False)

参数：
swap_axes 坐标轴转置
dendrogram 显示树图
show_gene_labels 显示基因label

返回的ax_list，其实是字典格式，分别控制不同部分的样式

# 不同key可以控制设置不同部分图的显示
{'heatmap_ax': <AxesSubplot:>,
 'groupby_ax': <AxesSubplot:xlabel='CellType'>,
 'gene_groups_ax': <AxesSubplot:>}

设置是否显示轴，修改x，y轴刻度，修改轴标签，都是类似于matplotlib的修改；还有show和save


test['groupby_ax'].set_xticklabels('')  #去除cell type，即每个 group对应的细胞名称的label
test['groupby_ax'].set_xlabel("x axis label") # 设置x轴的标签文本
ax_list['groupby_ax'].set_xticks([0,250,500,750,1000]) # 设置刻度
test['groupby_ax'].figure.set_figheight(10)  #设置图片大小
test['groupby_ax'].figure.set_figwidth(10)  # 设置图片大小
test['gene_groups_ax'].set_visible(False)  # 隐藏gene group的bar,即隐藏gene group轴
test['groupby_ax'].figure.savefig('path_fig_name.png')
test['groupby_ax'].figure