I get:
I want:
想要去除gene label,隐藏group label。
ax_list = sc.pl.rank_genes_groups_heatmap(adata, n_genes=5,key="wilcoxon", groupby=CellType, show_gene_labels=False,use_raw=False,dendrogram=False,
swap_axes=True,save="/DE/test.png",show=False)
参数:
swap_axes 坐标轴转置
dendrogram 显示树图
show_gene_labels 显示基因label
返回的ax_list,其实是字典格式,分别控制不同部分的样式
# 不同key可以控制设置不同部分图的显示
{'heatmap_ax': <AxesSubplot:>,
'groupby_ax': <AxesSubplot:xlabel='CellType'>,
'gene_groups_ax': <AxesSubplot:>}
设置是否显示轴,修改x,y轴刻度,修改轴标签,都是类似于matplotlib的修改;还有show和save
test['groupby_ax'].set_xticklabels('') #去除cell type,即每个 group对应的细胞名称的label
test['groupby_ax'].set_xlabel("x axis label") # 设置x轴的标签文本
ax_list['groupby_ax'].set_xticks([0,250,500,750,1000]) # 设置刻度
test['groupby_ax'].figure.set_figheight(10) #设置图片大小
test['groupby_ax'].figure.set_figwidth(10) # 设置图片大小
test['gene_groups_ax'].set_visible(False) # 隐藏gene group的bar,即隐藏gene group轴
test['groupby_ax'].figure.savefig('path_fig_name.png')
test['groupby_ax'].figure