NIH如果禁止访问，我们还有哪些平替？

一、写在前面

最近有个事炸锅了，NIH将限制国人访问NIH相关的数据库和站点。大家最关心的肯定是以后能不能访问NCBI了，还能不能快乐的在PubMed检索文献了？以后还能不能快乐的在GEO和SRA里挖啊挖啊挖了。截至发稿日，Biomamba还是可以正常的访问以上站点的。即使真封了，NIH的这些数据库与站点也有很多平替，21世纪也没什么秘密，NIH的各大数据库其实每日都与国际核酸序列数据库协作组织(INSDC)互相交换数据。理论上来说，NIH有的内容，都可以从平替站点以曲线救国的形式下载到。

二、PubMed→WOS

有备无患，除了隶属NIH的PubMed外，还可以用Web of SCIENCE来检索文献[2]。搜索界面如下，整洁好用，可以在Topic、Title、Author、Publication、Year Publish、Publication Date、Abstract、Address、Author Identifiers、DOI、Editor、Group Author多个尺度下对科研文章进行检索。且《Web of SCIENCE》隶属《Clarivate Analytics》，也就是评影响因子的机构，总部在伦敦。我想NIH的手应该没那么长？

检索和筛选系统还挺好

摘要页面也不比PubMed差

要说缺点就是无法直接获取全文，并且收录的图片居然还是黑白的

不过问题不大，SCI-HUB走起或者试试bget。

三、SRA→EBI

SRA（Sequence Read Archive） 是由NCBI管理的一个公共数据库，主要用于存储和共享高通量测序数据（Next-Generation Sequencing, NGS）的原始数据。如果NIH的限制让我们无法访问SRA，那我们不妨试试EBI[3]，EBI是欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute)的缩写，是一个致力于提供生物信息学研究、数据存储与分析服务的国际领先机构。EBI是欧洲分子生物学实验室(EMBL)的一个分支，位于英国剑桥，同理NIH应该手没那么长？事实上，SRA、EBI、日本DDBJ之间每天会同步数据，理论上我们甚至可以曲线救国，直接从EBI中下载到SRA的数据。

事实上，EBI数据的下载体验比SRA更好，毕竟SRA数据库里的SRA、SRP、SRX号总是让人傻傻分不清楚。例如，我们在Bulk RNASeq| 转录组实战中演示的案例；数据可见:https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/studies/E-MTAB-13019。

在如上页面中，下载meta data之后，E-MTAB-13019.sdrf.txt中可以赫然发现数据来源其实还是SRA。

需要借助ascp下载，教程可参考摆脱SRA、GEO、TCGA的破烂网速

# 创建文件夹收纳下载文件：

mkdir raw_reads

# 切换工作路径

cd raw_reads

# 下载数据:

cut -f 31  /mnt/g/analysis/转录组定量分析/E-MTAB-13019实战/13019/E-MTAB-13019.sdrf.txt | sed s/'ftp:\/\/ftp.sra.ebi.ac.uk\/'//g  | grep -v Comment | uniq | while read temp_sample ; do  ascp -QT -l 300m -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:${temp_sample} ./ ; done

下载速度也非常给力：

下载日志：
ERR11498137_1.fastq.gz                                              100% 3412MB  192Mb/s    03:10
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(149377K bits/sec), in 1 file.
ERR11498137_2.fastq.gz                                              100% 3683MB  126Mb/s    03:33
Completed: 3771548K bytes transferred in 213 seconds
 (144503K bits/sec), in 1 file.
ERR11498138_1.fastq.gz                                              100% 3727MB  172Mb/s    03:28
Completed: 3817313K bytes transferred in 209 seconds 
(149180K bits/sec), in 1 file.
ERR11498138_2.fastq.gz                                              100% 4075MB  119Mb/s    04:07
Completed: 4173298K bytes transferred in 248 seconds 
(137821K bits/sec), in 1 file.
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Completed: 4175881K bytes transferred in 229 seconds
 (148768K bits/sec), in 1 file.
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(158397K bits/sec), in 1 file.
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(146748K bits/sec), in 1 file.
ERR11498140_2.fastq.gz                                              100% 3424MB  145Mb/s    03:20
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(142861K bits/sec), in 1 file.
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(134237K bits/sec), in 1 file.
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(146469K bits/sec), in 1 file.
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(146012K bits/sec), in 1 file.
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(123908K bits/sec), in 1 file.
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(153500K bits/sec), in 1 file.
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(153897K bits/sec), in 1 file.

四、GenBank→ENA

如果GenBank（NCBI 提供的核酸序列数据库）被禁止访问，你可以使用ENA[4]、DDBJ[5]、UCSC Genome Browser[6]、Ensembl Genome Browser[7]这些等效平台作为替代（平替），它们同样是 INSDC（国际核酸序列数据库协作组织）成员，并与 GenBank 数据同步。例如我们想在ENA中检索CD8A的数据：

参考：

[1]https://grants.nih.gov/grants/guide/notice-files/NOT-OD-25-083.html

[2]https://www.webofscience.com/wos/

[3]https://www.ebi.ac.uk/

[4]https://www.ebi.ac.uk/ena

[5]https://www.ddbj.nig.ac.jp

[6]https://genome.ucsc.edu

[7]https://www.ensembl.org