ESM3——开启生物大模型时代

已于 2024-08-11 16:31:06 修改
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分类专栏： 深度学习 大模型 多模态 文章标签： 语言模型 深度学习 python
于 2024-08-11 16:16:11 首次发布
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关于ESM3前身模型（如ESM-1b、ESM-MSA等）可以看之前文章：生物大模型——ESM模型（一）-CSDN博客

这篇文章主要讲解ESM3模型，部分图片来自小破站视频（关于该模型的详细视频讲解）：【ESM3: 生物大模型时代并未到来】https://www.bilibili.com/video/BV15SbYeSEzM?vd_source=dd65e5938f5f6dab5dc478dad590c5f9

论文地址：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.01.600583v1.full.pdf

代码：GitHub - evolutionaryscale/esm

官方网站：Evolutionary Scale · ESM3: Simulating 500 million years of evolution with a language model

概述

一个多模态的生成型语言模型：即除了语言模型外,还包括蛋白质的序列结构和功能信息。

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生物序列的预训练模型ESM-2介绍
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ESM3：开启生物医学新时代的多模态生成模型
远程部署调试 运行安装 项目调试 二次开发 项目技术新 持续迭代 部分源码免费分享
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ESM3 作为生物医学领域的杰出代表，以其多模态融合机制、独特训练方式和几何注意力机制等核心技术，展现出多模态推理、对生物学对齐敏感以及强大生成能力等显著特点。这些优势使其在药物研发、合成生物学等领域发挥着重要作用，为生物医学研究带来了前所未有的变革。尽管面临数据质量、模型可解释性和伦理法律等挑战，但其未来发展前景广阔，有望与其他技术深度融合，为解决人类健康问题提供更强大的支持，成为推动生物医学进步的核心力量。
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模拟5亿年生物进化登上《Science》，ESM3开启多模态蛋白质通用基模scaling law范式
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01-18 316
近日，科学界迎来了一项重大突破，人工智能公司 Evolutionary Scale在《Science》杂志上发布了其最新的研究成果 — ESM3模型，在时空尺度缩放上该模型能够模拟超过5亿年的自然进化过程，为生命科学领域带来了前所未有的变革与机遇。可以说，ESM3的多模态能力在蛋白质研究领域尚属首次，通过这种多模态的分析和生成方式，科学家们能够更深入地理解、掌控蛋白质在序列、结构和功能之间的关系，进而更灵活地进行蛋白质设计、药物研发等工作，并对生命科学领域产生了深远的影响。
2024年7月——使用ESM3（进化尺度的蛋白质语言模型）
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esm3 蛋白质语言模型
关于ESMC-6B蛋白质语言大模型API的使用（ESM3/ESMC简介、batch序列数据输入尝试）
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拼尽全力，依然无法战胜。 没能让ESM团队用出全力，真是遗憾呢。
LLM生成大模型在生物蛋白质应用：ESM3、FoldToken、ProGen、ProtGPT2
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参考：通过GPT模型原理，输入蛋白质序列等模态输出预测的蛋白质序列及结构。
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ESM：一种基于Transformer的蛋白质语言模型，让你轻松预测和生成蛋白质
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蛋白质是生命的基本组成单位，它们的结构和功能决定了生物体的各种特性和活动。然而，蛋白质的结构和功能是如何从它们的氨基酸序列中决定的，这是一个长期困扰生物学家的难题。传统的方法是通过实验手段来测定蛋白质的结构和功能，但这种方法耗时耗力，而且无法覆盖所有的蛋白质。随着人工智能的不断发展，一种新的方法出现了，那就是利用深度学习技术来预测蛋白质的结构和功能，这种方法被称为蛋白质语言模型。
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qq_52038588的博客
10-29 8903
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ESM3.0详细功能列表20181102修订.docx
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瑞星esm产品每个模块的功能列表，包括防病毒，漏扫，防火墙等功能模块，可用于产品调试及使用
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生物医学研究是一个高度专业化和多学科交叉的领域，它涉及到生物学、医学、工程学、物理学等多个学科。...在未来，我们可以预见到，ESM3模型将在生物医学领域发挥越来越重要的作用，为人类的健康事业做出更大的贡献。
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esm2蛋白质模型可以更改蛋白质向量长度吗
11-10
是的，esm2蛋白质模型可以更改蛋白质向量长度。ESM-2是一个用于蛋白质序列建模的深度学习模型，它可以在不同的向量长度上对蛋白质进行建模。在进行序列预测时，可以根据需要选择合适的向量长度，以适应不同的实验设计或研究问题。向量长度的改变可以提供更多关于蛋白质序列特征的信息，有助于提高蛋白质结构和功能预测的准确性。 ESM-2模型的灵活性使其在生物信息学和蛋白质研究领域得到了广泛的应用。研究人员可以根据实际需求对蛋白质序列进行不同长度的建模，从而更好地理解蛋白质的结构和功能。这种灵活性可以帮助研究人员在特定的生物学问题上进行深入的探索，并为蛋白质工程和药物设计提供有益的帮助。 总之，esm2蛋白质模型可以根据需要更改蛋白质向量长度，这种灵活性为蛋白质研究和应用提供了重要的工具和支持。这也有助于推动蛋白质结构和功能预测的发展，为生命科学领域的进步做出贡献。
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