在用eggnog-mapper做功能注释的时候,报了这样的错,我一开始以为是fasta文件的问题,看了半天也没发现哪里有问题,google了半天也没找到原因,从早上九点折腾到下午三点半才解决。不清楚其他人报错的原因,我这边还是有点奇葩的。
首先我是个菜鸡,然后早期折腾服务器的时候装了两个python版本,在运行
python eggnog-mapper/emapper.py -i PT.pep.new.fa --output out -d euk --cpu 15
的时候,其实自动使用了python2.7的版本,后来改成了
python3 eggnog-mapper/emapper.py -i PT.pep.new.fa --output out -d euk --cpu 15
又报错
ModuleNotFoundError: No module named 'psutil'
但这次问题就比较明显了,缺少psutil这个模块,装上就是了,结果装的时候又自动给装到2.7去了,后来用python整了个biopython,就跑通了。
python3 -m pip install biopython