7种 Venn 图可视化R包

生信碱移

已于 2024-05-15 14:25:47 修改

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文章标签： r语言数据可视化

于 2024-05-15 14:15:40 首次发布

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最近冲浪的时候看到ggVennDiagram的开发者在一篇文章中展示了多个venn图绘制R包，这里小编就给大家简单分享一下。

一、所需R包下载

可以使用以下代码安装相应R包：

# cran来源R包安装
cran_packages <- c("VennDiagram,"venn",
                   "nVennR", "eulerr", "RVenn","ggVennDiagram")
install.packages(cran_packages)

# GitHub来源R包安装
if (!requireNamespace("ggvenn")){
  remotes::install_github("yanlinlin82/ggvenn")
}

二、数据生成

绘制venn图需要提供的数据类型为列表，分别储存着不同集合的元素向量。为了方便展示，下面随机生成了示例数据，大家自己做的时候根据自己的数据准备。

# 生成gene1到gene1000的向量genes
genes <- paste0("gene",1:1000)
set.seed(20210302)  # 设定随机数种子方便结果复现
# 随机采样生成包含A、B、C、D四个集合的list
gene_list <- list(A = sample(genes,100),
                  B = sample(genes,200),
                  C = sample(genes,300),
                  D = sample(genes,200))
library(dplyr)

▲ gene_list 截图如上

三、各类R包简述

1.VennDiagram包

library(VennDiagram)
VennDiagram <- venn.diagram(x = gene_list, filename = NULL)
cowplot::plot_grid(VennDiagram)

2.venn包

library(venn)
venn(gene_list)

3.nVennR包

library(nVennR)
myNV <- plotVenn(gene_list, nCycles = 10000, outFile = "venn.svg") # 增大nCycles可以有效避免过分重叠，outFile直接指定输出文件名称

4.eulerr包

library(eulerr)
venn_plot <- venn(gene_list)
plot(venn_plot)

euler_plot <- euler(gene_list)
plot(euler_plot)

5.RVenn包

library(RVenn)
ggvenn(Venn(gene_list[1:3]))  # 仅绘制前三个list

6.ggVennDiagram包

library(ggVennDiagram)
ggVennDiagram(gene_list)

7.ggvenn包

library(ggvenn)
ggvenn(gene_list)

简单分享到这

更多内容可以参考以下链接：

https://venn.bio-spring.top/