【荐藏】代谢组学分析系列

最新推荐文章于 2024-03-19 09:59:00 发布
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分类专栏： 生物医疗健康数据分析 文章标签： 生物信息学 数据分析
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发现了宝藏知识宝藏博主，他梳理了代谢组学从实验到分析的全流程知识并汇聚成册。大家共同学习呀。

wechat：代谢组学分享平台。为代谢组学入门者提供信息；经验分享；文献共享；资源共享。感谢此君！

代谢组学

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AI人工智能深度学习算法：在生物信息学中的应用
AI大模型应用之禅
07-17 1386
在过去的十年里，人工智能（AI）和深度学习技术在各个领域都取得了突破性的进展。其中，生物信息学作为一个交叉学科，正在经历一场由AI驱动的革命。生物信息学结合了生物学、计算机科学和统计学，旨在解析和理解海量的生物数据。随着高通量测序技术的发展和生物大数据的积累，传统的数据分析方法已经难以应对日益增长的数据规模和复杂性。在这种背景下，AI特别是深度学习算法，凭借其强大的模式识别和预测能力，正在为生物信息学带来前所未有的机遇和挑战。
脑科学磁共振成像（MRI)初学者必看——功能脑网络、小世界网络、FDR校正、脑电信号频率变换、模板、假设检验、广义线性模型、独立成分分析、影像组学、任务态和静息态方法汇总
从事脑科学核磁共振方法学研究，在Nature communications等权威期刊发表研究论文，熟练掌握磁共振处理方法和统计学方法，欢迎大家和我交流。
04-17 2万+
磁共振成像初学者必看一、浅谈功能脑网络二、不同模态脑网络的构建功能脑网络结构脑网络白质纤维束脑网络加权网络二值网络三、趣谈散点图与相关系数四、脑电信号频域变换五、fMRI中的FDR校正六、模板（mask）1、模板(mask )往往是与ROI联系在一起的2、mask作用的原理3、常见的mask七、假设检验和效果量八、组水平标准化九、由 ALFF 说开去十、计算机存取MRI影像的那些事十二、Linux基础命令十三、浅谈标准空间模板和空间变换一：标准空间模板二：空间变换十四 、 功能连接十五、大脑激活与功能连接的
代谢组学中常见的分析方法
Allenkx的博客
08-22 194
我们知道细胞内的生命活动由众多基因、蛋白质、以及小分子代谢产物来共同承担，而上游的（核酸、蛋白质等）大分子的功能性变化最终会体现于代谢层面，如神经递质的变化、激素调控、受体作用效应、细胞信号释放、能量传递和细胞间通讯等，所以代谢组处于基因调控网络和蛋白质作用网络的下游，所提供的是生物学的终端信息。代谢组学的研究需要高灵敏度、高通量且稳定性好的方法，所以检测平台的选择也是至关重要，今天科学指南针就和大家聊一聊代谢组学和代谢组学的研究检测技术。一般来说，代谢组学关注的对象是分子量在1000以下的小分子化合物。
干货分享 | 代谢组学数据分析，常见图形制作分享-百趣生物
Biotree2012的博客
07-21 2732
前两期《代谢组学两种常见图形制作分享》、《代谢组学常见图形制作分享（二）》给大家详细介绍了韦恩图、箱线图和ROC曲线的绘制，不知各位趣粉学得如何啦？今天BIOTREE生信分析的小伙伴又给大家准备新的学习内容啦！一起快马加鞭来学习吧~ 组学分析中，当我们需要将2种数值相差太大的数据绘制在一张图中时，以代谢组学归一化后的数据和蛋白定量数据为例： ​ 如果用常规图展示：那就看不清代谢物Phosphoric的含量变化。 遇到这种情况怎么办呢？绘制双坐标轴图是非常好的选择。那么，R语言和Excel怎么
浅析代谢组学最常用到的数据分析方法 图形详解pca pls-da opls-da
生信小博士的博客
07-03 1万+
与PLS相比，OPLS根据数据集Y的差异将数据集X的差异分为两个部分，第一部分代表与Y相关的差异, 第二部分代表与Y不相关 (正交垂直)的差异，OPLS-DA可将这两部分差异进行区分，控制与Y正交或者无关的X的变化并加以滤除。代谢组学分析数据用于统计分析时，数据集通常为一个N × K的矩阵（X矩阵），N表示N个样本数，每一行代表一个样品， K表示K个变量，每一列代表一个变量，在代谢组学中变量通常是指代谢物含量。数据集X总会含有一些与研究无关的干扰信号，如人的生活方式，植物的生长环境或检测仪器的噪音干扰等。
代谢组学数据分析的统计学方法综述
FanJin的博客
10-01 3万+
转自：https://mp.weixin.qq.com/s/XThAKeSBriHbeYKlU96pmA 代谢组学研究产生大量的数据，这些数据具有高维、小样本、高噪声等复杂特征。如何从复杂的代谢组学数据中提取出有价值的信息，筛选出潜在的生物标志物成为近年来代谢组学研究的热点和难点。据此，本文针对目前代谢组学数据分析中的常用统计学方法及其研究进展进行介绍。 代谢组学数据的特点 代谢组学是...
代谢组学分析手段（一）
hlllllllhhhhh的博客
10-03 222
（3）质谱技术可方便地与分离技术（如毛细管电泳（Capillary Electrochrophoresis，CE）、气相色谱（Gas Chromatography，GC）和液相色谱（Liquid Chromatophray, LC））相结合，进一步提高分析复杂样品代谢组的能力。早在二十世纪八十年代，英国帝国理工大学的Nicholson等人利用核磁共振技术分析了大鼠尿液中的代谢物，确定了代谢物的变化与疾病发生的关系。（2）通过质谱技术采集到的MS/MS谱图能够提供代谢物的结构信息，有利于代谢物的结构鉴定。
"多核代谢物鉴别：分布式计算与并行算法
可在www.sciencedirect.com在线获取理论计算机科学电子笔记299（2013）53-60www.elsevier.com/locate/entcsPMG：多核代谢物鉴别1Mohammad Mahdi Jaghooria，b，c，2，Sung-Shik T.Q.Jongmansb，Frank de Boerb，...
大数据系统及分析技术
xiaokaiabcde的博客
11-04 5714
大数据 IDC将大数据技术定义为：“为更经济地从高频率的、大容量的、不同结构和类型的数据中获取价值而设计的新一代架构和技术。”大数据的关键在于种类繁多、数量庞大、使用传统的数据分析工具无法在可容忍的时间内处理相应的数据。大数据分析主要涉及两个不同的领域：一是如何将海量的数据存储起来，二是如何在短时间内处理大量不同类型的数据，即解决大数据存储与大数据处理等问题 大数据概览 ...
simca-omics-skin 14用于代谢组学分析的界面
09-08
要在simca14安装的基础上，安装此操作界面，直接针对代谢组学数据分析，操作简单直接
大数据分析案例-基于随机森林算法构建肥胖预测模型并探究肥胖的成因
最新发布
m0_64336780的博客
03-19 1万+
本文使用UCI中一项关于人们饮食习惯和身体状况调查的数据集，分别通过决策树以及随机森林算法对数据进行处理，拟在寻找肥胖的成因。算法通过对14种影响因子进行多标签分类获取各影响因子与肥胖程度之间的权值，最终获取肥胖评估模型。人们可以通过评估模型就自己目前的生活习惯和身体状况来对未来的肥胖程度进行评估，并根据评估结果寻求解决肥胖问题的合理方式。肥胖是一种全球性的疾病，无论人们的社会或文化水平如何，它始终都是热点话题，而且全球患者的数量逐年增长。
代谢组学 代谢组数据分析难在哪里 色谱柱 流动相 标准库a
生信小博士的博客
07-08 662
而代谢组学分析对象的理化性质复杂多样，相应地实验条件的选择也差别很大，导致不同平台采用的代谢组实验条件大多不太一样，包括样本制备的方法、色谱柱的选择、色谱分离洗脱条件、质谱采集参数等。因为，物质鉴定是所有结果的基础，即使某检测方法能检测到的数据量再多、定量能力再灵敏、定量结果再精确，如果这个信号是代谢物张三还是代谢物李四不能确定的话，所获得的数据有何意义，也根本无从谈起表达是否有差异、功能是否有变化等后续问题。当然还年轻的小编，遇到专业做代谢组的老师，还有点小紧张的，但是我第一反应就是问，
代谢组学分析 PCA PLS-DA OPLS-DA 在R语言中的实现
生信小博士的博客
07-03 6703
主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）是一种无监督降维方法，能够有效对高维数据进行处理。但PCA对相关性较小的变量不敏感，而PLS-DA（Partial Least Squares-Discriminant Analysis，偏最小二乘判别分析）能够有效解决这个问题。而OPLS-DA（正交偏最小二乘判别分析）结合了正交信号和PLS-DA来筛选差异变量。
【代谢组学入门1】学习资源收集
Yujia's Blog
07-16 2407
大家好，最近博主将持续更新在代谢组学数据处理方面的学习笔记，作为代谢组学的入门选手，欢迎各位同学一起交流 ???? 根据前段时间的调研，我感觉中文的代谢组学数据分析的教程和学习资料比较少，因此这里展示的收集资料大多数是英文的???? 中文教材 脂质组学(韩贤林) 代谢组学：方法与应用(许国旺） 我买的是这两本教材，感觉看着还可以(请买最新版)，对入门选手较为友好 了解什么是质谱和色谱 因为代谢组学所用到的质谱/色谱这些仪器 实际是涉及分析化学领域了，因此建议先看看慕课上关于质谱和色谱的原理介绍，我看的是
GC-MS靶向代谢组学定量方法及方法学验证
生信小博士的博客
07-10 588
是一种间接或相对的校准方法，在分析测定样品中某组分含量时，加入一种内标物质，以校准和消除由于操作条件、仪器波动对分析结果产生的影响，可提高分析结果的准确度。用待测组分的标准品作对照物质，将对照物质和样品中待测组分的响应信号相比较进行定量的方法，也称为标准曲线法，是一种绝对定量的方法。：利用待分离的各种物质在两相中的分配系数、吸附能力等理化性质的不同来进行分离，然后进入质谱检测器进行检测的过程。除了代谢物的提取，代谢物的纯化与富集也是非常重要的；实际值与计量值之间的偏差，可以用加标回收率表示。
代谢组学研究的十大误区——误区十
Biotree2012的博客
09-01 2803
而模型的两个得分值，R2Y代表了模型的可解释性，也就是说模型中有百分之多少的信息能解释我们事先知道的分类变量Y，R2Y约接近1，说明能解释两组分类的信息越多，也就是我们说的两组之间的差异越大。OPLS-DA作为一个有监督的模型，意味着模型使用了两组分类信息作为分类的Y变量，也就是说模型事先知道哪些样品是哪组的，然后开始建模，其第一主成分（也叫预测主成分）呈现的是两组之间的差异信息。在很多的实际的项目中，尤其是临床样品的检测项目，能满足两条斜线的斜率为正，且Q2Y的截距不超过0.05就很好了。...
非靶向代谢组学数据分析方法总结
热门推荐
FanJin的博客
04-30 5万+
生物信息学早已不再局限于基因组学领域了，后基因组学越来越受到关注，并且这几年“多组学”的也研究越来越多。其中，代谢组学是相对比较年轻的一门学科，“代谢组”（metabolome）的概念于1998第一次被提出。基因组学和转录组学是生物信息的上游，更多的体现的是生物活动的内在本质因素，而代谢组学是生物信息的最下游，体现的是生物活动的表型结果。代谢组学分为靶向代谢组学和非靶向代谢组学，本文将结合本人的经...
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