首先去NCBI网站找到总结文件 assembly_summary.txt,比如细菌的位置(其他微生物的以此类推)在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/bacteria/assembly_summary.txt
利用kraken2的一个perl脚本(位置就在你安装kraken的目录下)就可以
perl /mnt/10t/mzy/download/kraken2/rsync_from_ncbi.pl assembly_summary.txt
首先去NCBI网站找到总结文件 assembly_summary.txt,比如细菌的位置(其他微生物的以此类推)在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/bacteria/assembly_summary.txt
利用kraken2的一个perl脚本(位置就在你安装kraken的目录下)就可以
perl /mnt/10t/mzy/download/kraken2/rsync_from_ncbi.pl assembly_summary.txt