下载refseq序列

最新推荐文章于 2023-03-16 20:56:07 发布
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分类专栏： 序列数据处理
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首先去NCBI网站找到总结文件 assembly_summary.txt，比如细菌的位置（其他微生物的以此类推）在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/bacteria/assembly_summary.txt

利用kraken2的一个perl脚本（位置就在你安装kraken的目录下）就可以

perl /mnt/10t/mzy/download/kraken2/rsync_from_ncbi.pl assembly_summary.txt

马志远的生信笔记
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查找器 trieFinder 程序旨在将各种长度的数字基因表达 (DGE) 标签快速映射到 RefSeq、UniGene 和/或基因组序列。 它使用来自序列文件的信息对标签进行注释，以适合转录本量化和检测新转录本的格式提供输出。 有关安装、运行和其他文档，请参阅 readme.pdf。 使用示例 给定已排序的短 MPSS 标签： @seq1 GATCGTCTGGAGCCTCCTCAAATGACACAC + !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! @seq2 GATCATGCCGCCGCAGCCATCGCCAAAACC + !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! @seq3 GATCAGACCAGCAACAAACTACAGCATTCA + !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! @seq4 GATCCAGAAGAGCGG
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