单细胞分析python包scanpy和torch_geometric的安装

最新推荐文章于 2024-06-05 09:36:31 发布

wo_qq111

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文章标签： python 深度学习

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_52648333/article/details/125724044

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torch_geometric

安装时需要安装的相关的包比较多，各个包的版本需要匹配，安装输入下面的代码。

conda install pytorch==1.10.0 torchvision==0.11.0 torchaudio==0.10.0 cpuonly -c pytorch
conda install pyg -c pyg -c conda-forge

参考的是这篇文章：

在conda环境下安装PyTorch+PyTorch Geometric（Pyg）

scanpy

scanpy安装时直接按文档提供的方式下载，但是在运行代码时报错，说 leidenalg 包不能导入，运行这行代码 from . import _c_leiden 时报错 ImportError: DLL load failed: 找不到指定的模块。

可行的安装方式为：

conda install seaborn scikit-learn statsmodels numba pytables
conda install -c conda-forge python-igraph leidenalg
pip install scanpy

参考这篇文章：

scanpy安装命令

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wo_qq111

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PyPI 官网下载 | scanpy_scripts-1.0.0-py3-none-any.whl

01-24

资源来自pypi官网。资源全名：scanpy_scripts-1.0.0-py3-none-any.whl

torch_geometric安装

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