GWAS-性状间相关性图的绘制

这两天学习了一下相关性图的绘制，很高级，觉得放到论文里一定很不错，就下定决心来学习，在网上找的代码，有的运行不了，所以结合自己的数据格式，对代码进行了修改。在这里记录一下自己的学习过程。

首先，载入数据。pheo.csv是我的表型文件的名称

library(openxlsx)
library(tidyverse)

dat = read.csv("pheo.csv")
dat

然后，去掉第一列，只保留数据

dat <- dat[,-(1:1)]

相关性分析，使用cor函数

cor(dat)

去掉NA，计算相关系数

cor(dat,use = "complete.obs") 

显著性检验，使用Hmisc函数，因为它可以多列比较

library(Hmisc)
dat = as.matrix(dat)
rcorr(dat) 

最后进行可视化

library(GGally)
dat = as.data.frame(dat)
ggpairs(dat)

得到如下图
over！

看到很多文献里面都是有这种图的，当然也有一些是表格的，但是表格就显得很普通了。这个图乍一看就很有内容的样子。势必学会！！！