GWAS分析-常用文件格式

我们进行GWAS分析，必须得有数据，那么什么样的数据，什么样的数据格式才能保证GWAS正常分析呢。今天主要给大家分享一下进行GWAS分析常用到的几种数据格式。

（一）*.bim/*.fam/*.bed格式为一组

其中bim文件则是存储每个遗传变异（通常是SNP）的相关信息，最后的fam存储的是样本信息，bed是存储基因型信息的。

*.bim文件, 总共6列

第一列：Chr  染色体编号

第二列：SNP  标记名称

第三列：GD  遗传距离（摩尔根），一般情况写0即可

第四列：BPP  物理距离（单位：bp）

第五列：Allele 1 一般情况下为次要等位基因

第六列：Allele 2 一般情况下为主要等位基因

*.fam文件，总共6列

第一列：FID  Family ID 

第二列：IID  Within-family ID (不能是'0')

第三列：PID  Within-family ID of father ('0' if father isn