GWAS分析-常用文件格式

已于 2022-11-21 16:41:28 修改
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于 2022-11-21 16:33:34 首次发布
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GWAS分析涉及多种数据格式，如.bim/.fam/.bed和.ped/.map等。.bim存储SNP信息，.fam存储样本信息，.bed存储基因型数据，而.ped和.map分别记录样本和标记细节。此外，还有.tfam/.tped, .vcf, .hapmap, .gen/.sample等格式，通常使用plink软件进行转换和处理。" 103534670,9207083,Linux中使用echo命令改变字体样式,"['Linux', 'shell命令', '终端', '文本样式']

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我们进行GWAS分析，必须得有数据，那么什么样的数据，什么样的数据格式才能保证GWAS正常分析呢。今天主要给大家分享一下进行GWAS分析常用到的几种数据格式。

（一）*.bim/*.fam/*.bed格式为一组

其中bim文件则是存储每个遗传变异（通常是SNP）的相关信息，最后的fam存储的是样本信息，bed是存储基因型信息的。

*.bim文件, 总共6列

第一列：Chr  染色体编号

第二列：SNP  标记名称

第三列：GD  遗传距离（摩尔根），一般情况写0即可

第四列：BPP  物理距离（单位：bp）

第五列：Allele 1 一般情况下为次要等位基因

第六列：Allele 2 一般情况下为主要等位基因

*.fam文件，总共6列

第一列：FID  Family ID 

第二列：IID  Within-family ID (不能是'0')

第三列：PID  Within-family ID of father ('0' if father isn'

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