10X单细胞（10X空间转录组）肿瘤数据分析之肿瘤进化树

作者，追风少年i

hello，大家好，新的一周，新的开始，脑海里浮现周星驰的一句台词，只有越来越强大，才能越来越童话。

今天我们简单来学习一个简单的内容，肿瘤进化树，先看示例。不过之前大家要先补充一下基础知识，我列在下面，供大家参考。

10X单细胞（10X空间转录组）CNV分析之inferCNVpy

10X单细胞个性化分析之CNV篇

10X单细胞（10X空间转录组）CNV分析回顾之CopyKAT

10X单细胞（10X空间转录组）分析之将单细胞转录组映射到拷贝数进化树（scatrex）

10X空间转录组CNV和速率分析的空间图谱

10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之识别肿瘤细胞的CNV分析原理

其中文章10X单细胞个性化分析之CNV篇和10X单细胞（10X空间转录组）数据分析之识别肿瘤细胞的CNV分析原理主要讲分析原理，建议大家好好看看。

先来看看范例

文章Single-cell analysis reveals new evolutionary complexity in uveal melanoma，2020年的NC文章。

肿瘤进化树

图片要说明的问题并不复杂，a 和 b图就是简单的CNV事件热图，c图是每一个样本的进化树，上方主干对应的CNV事件，是早期就发生的；下方分枝的CNV事件是后期发生的。其中蕴含的逻辑就是含有某个CNV的细胞占比越多，那么这个CNV就发生得越早；含有某个CNV的细胞占比越少，这个CNV就发生得越晚。

文章Single-cell RNA landscape of intratumoral heterogeneity and immunosuppressive microenvironment in advanced osteosarcoma

和上一张图的形式差不多，解读也是一样的，我们今天的目标就是来实现进化树的结果

其中我们需要注意2点

• 进化树的绘制
• 长短臂注释的由来

我们先来看看文章中的方法，在文章