【变异位点功能注释annovar】实操一：如何构架库文件

1. 下载基因组文件：fa/ fna      gff3/ gff（2种格式都可以构建）

来源：NCBI 

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/016/699/485/GCF_016699485.2_bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b/GCF_016699485.2_bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b_genomic.fna.gz
wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/016/699/485/GCF_016699485.2_bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b/GCF_016699485.2_bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b_genomic.gff.gz

解压:

gunzip GCF_016699485.2_bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b_genomic.fna.gz
gunzip GCF_016699485.2_bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b_genomic.gff.gz

注意：如果染色体不是以数字表示，注释之前就需要替换染色体，否则后面注释出来也乱，非数字染色体

来源：NCBI 可以查找对应的数字与编号

2. gff 3 /gtf  转化为txt

/annovar/gff3ToGenePred ref/chicken/GCF_016699485.2_bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b_genomic.gff GRCg7b_refGene.txt


/annovar/gtfToGenePred ref/chicken/GCF_016699485.2_bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b_genomic.gtf GRCg7b_refGene.txt

3.  转换fa

 perl software/annovar/retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile  /mnt/data/ref/chicken/GCF_016699485.2_bGalGal1.mat.broiler.GRCg7b_genomic.fna  GRCg7b_refGene.txt --outfile GRCg7b_refGeneMrna.fa

4.开始注释

见后续

ANNOVAR 注释|自建数据库 - 简书