【iCIMapping】Bin划分如何理解

bin：是指没有发生重组的染色体区块，重组断点；

划分BIN目的:  简并大量SNP信息；

文件来源于： ICImapping划分BIN的sum文件

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软件运行

可选项：

1. 考虑锚定信息（标记输入染色体）

2.按照缺失率，保留缺失率最低的标记代表这个Bin

标记属于chr9 ---划分为一个BIn-----最终保留了缺失率最小的一个标记/ 可选随机保留

因为看了软件的说明文档，目前没有找到作者划分bin的原理，所以对BIN划分存在以下疑问：

1. 输入文件标记是否按照物理距离排序，影响最终BIN划分吗，影响最终图谱构建吗？

尝试结果：Bin划分结果整体一致，但有个别bin划分不一致，但几乎不影响最终图谱构建结果。

2. 划分到一个bin的标记  物理位置距离近吗？

尝试结果：一般比较近，icimapping 划分bin的输入文件并不需要标记的物理位置，但最终划分到一个Bin的标记基本上物理位置很近；(如下，同属于binID=53 ,物理位置很近)

（bin代表没有发生重组的染色体区块，划分到一个bin的标记是在染色体上是整体连续的片段）

 3.Bin内所有的标记，分型都一致吗？

尝试结果：基本Bin内所有的标记分型一致，也有部分不一致（猜测可能是作者在定义划分Bin规则的时候允许纠错，可能导致一个Bin内部部分位点分型不一致）

4. 挑选一个Bin内不同的标记，最终的图谱，遗传位置计算值一样吗？

之前通过缺失率保留标记-----------------现在随机保留标记：最终的图谱长度存在细小的差别

  缺失率保留标记

随机保留标记

1. 划分Bin的结果没有区别，只是最终采用的代表一个bin的标记不同---------最终的bin的数目是一致的-----------------最终的图谱长度也有微小的差异（原来3284--现在3273）；

  

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具体核查过程：

文件来源于：1. ICImapping划分BIN的sum文件，2. 调取的个体基因型；

1. 文件1：包含每个bin中已识别的bin组和已删除标记的汇总信息。编号为0的bin组包含非冗余且未删除的标记。最后一列的数字1表示该标记被删除，数字0表示该标记被保留以进行进一步的遗传分析。

 2. 文件2：输入文件中第二个sheet（这2个文件，标记的顺序是一致的）

 3. 整理为

每一行是一个标记，BinID =3 的代表是划分到一个Bin里的标记；

0代表基因是偏向P1的纯合型，2代表基因是偏向P2的纯合型；

 特点：

1. 划分到一个BIN的文件

可视化方式:

分析名称：bin的单体来源评估：bin内可以简并大量SNP信息，然后判断每个bin来源于父母本哪一方

 BMK-群体遗传学解决方案20150413 - 豆丁网

与之前看的 Bin, Bin, Bin！Map, Map, Map Now! 不太相同，SNP数据基于binmap进行纠错，用于更好的遗传定位。

以下是之前看的具体内容