T2T基因组组装技术原理

丸丸丸子w

于 2024-11-29 17:22:09 发布

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分类专栏：生物信息文章标签：生物信息 T2T

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title: T2T基因组组装技术原理
date: 2024-11-21 17:21:37
categories: T2T组装教程
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tags: T2T

T2T基因组组装技术原理

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背景介绍

基因组组装

Reads（基础原始数据）→ 拼接生成 Contigs（无间隙连续序列）→ 通过连接生成 Scaffolds（更长的框架序列）
测序reads
- NGS 下一代测序短读长 100-300 bp
- TGS 第三代测序长读长 10-100 kb
contigs
- 根据reads重叠拼接成的连续序列片段
Scaffolds
- 由多个 contigs 通过额外的信息（如测序技术的配对末端信息paired-end reads、光学图谱、Hi-C 等）链接而成更长的序列片段
- 其中可能包含未知序列（以“N”表示）
基因组分类
- Draft Genome（初级基因组）：基于 NGS 短读段。
- Gold Genome（金标准基因组）：采用 TGS（长读段）。
- Complete Genome（完整基因组）：结合 HiFi 技术，质量和精度进一步提高。
- T2T Genome（端到端基因组）：结合 HiFi 和超长读段（如 ONT 技术），实现真正无间隙的基因组组装。
Hi-C
- Hi-C是一种基于染色质三维结构的高通量染色体构象捕获技术，用于检测DNA在空间中的相互作用。
- 主要用途
  - 基因组组装：通过Hi-C可以推断基因组不同片段在染色体中的位置和方向，帮助将contigs组装成染色体级别的scaffolds。
  - 三维基因组学：研究基因组的空间结构（如TADs，拓扑关联域）及其与基因调控的关系。
HiFi reads
- 提供高精度长读段数据 contigs
随着HiFi技术和ONT超长技术的发展
- 可以测得以前的基因组黑洞区域（端粒、着丝粒和高度重复的区域）

T2T基本概念

近完成图（Gapless Genome）：指在染色体水平组装中，至少有一条染色体由一个单独的 contig 组成，即这条染色体没有任何间隙（gap）。
完成图（Gap-free Genome）：指染色体上的所有组装区域均为 0 gap（不包括端粒、着丝粒等复杂区域）。
- 例如，若基因组有 12 条染色体，则组装的 contig 也有 12 个，每个 contig 对应一条染色体（如水稻基因组的 12 条染色体）。
T2T基因组（Telomere-to-Telomere Genome）：在完成图的基础上，通过结合 FISH 技术、基于 CenHB3 抗体的 ChIP-seq 着丝粒分离分析等方法，准确鉴定出着丝粒和端粒区域，实现至少一条染色体从端粒到端粒的完整组装。