【文献分享】一文带你读懂T2T基因组文章策略 （大豆ZH13的T2T 完整基因组及其表观遗传修饰图谱）

文章总结

建议大家看完文章都总结一下，要不然容易忘记。

格式可以参考：【经验分享】文献读完就忘？你是不是和我一样沮丧？-CSDN博客

T2T

T2T构建及表观遗传学思路

1. 组装了一个T2T基因组

• 采用ont超长+hifi+BGI的二代短序列
• 端粒+着丝粒（表+图）：
• 用CCCTAAA鉴定了端粒
• 用Cent-Gm1 or CentGm2鉴定了着丝粒
• 用BUSCO和Merqury估计了基因组质量
• 着丝粒的Gap填充展示（全局+局部）+测序reads分布展示测序技术可靠性

2. 和ZH13v2 and Williams 82v4 基因组比较

• 比较的染色体图
• ZH13-T2T和两个基因组的共线性比较 (图) + Sequence and structural variations(表)
• 同源基因和非同源基因展示+同源基因的共线性

3. 新基因的验证

• 根、茎、叶表达量展示
•  PCR和Sanger测序验证新的基因
• PCR和Sanger测序验证gap

4. 构建表观遗传图谱

• 数据：

        DNA甲基化数据：WGBS+ Nanopore（CG \CHG\CHH）

        组蛋白修饰 + ATAC-seq + HI-C

        WGBS和Nanopore的一致性比较：比较好；

        Nanopore能覆盖更多的胞嘧啶位点，尤其是在着丝粒区域

• 染色体上分布的信号峰（局部+整体）
• 不同类型的TE的修饰程度比较
•  ATAC-seq：

        鉴定ATAC-seq的峰：

        ATAC的信号分布饼图

        峰附近的区域表现出低水平的DNA甲基化

        ATAC相关基因和不相关基因的表达量不对

         端粒和着丝粒区域的峰、以及存在GAP中的

        完成表观遗传图谱构建-epigenetics+gene结构+TE

5. 远距离DNA互作：HI-C

• 鉴定了内外染色体的loop
•  连接染色体loop，去构建染色体互作网络
• 互作信号越强，染色质开放程度(ATAC)越高[15号染色体]
• 一个基因跨越210kb与两个基因互作的例子
•  qRT-PCR验证根茎叶的相对表达量