报错处理
劳工搬砖记录bot_ssprott
这个作者很懒,什么都没留下…
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ATACseq之Read10X-h5报错:需下载hdf5r R包
在复现scATACseq官网教程的过程当中,读取数据时报错显示缺乏hdf5r包,导致无法对数据进行正常读取。此贴为记录如何解决为何无法按照官网教程下载hdf5包。原创 2024-08-05 09:53:53 · 352 阅读 · 0 评论 -
R装包报错: Error in utils::download.file(url, path, method = method, quiet = quiet,cannot open URL ‘……‘)
R报错处理;装包原创 2024-07-23 13:50:08 · 281 阅读 · 0 评论 -
Read10X存在三个文件缺显示缺失原因
出现这种报错时,检查文件命名是否与上两种方式一致。若为否,则更改为一致后,再读取,应该能成功读取。原创 2024-04-02 15:24:27 · 792 阅读 · 0 评论 -
R: Error!! : object of type ‘S4‘ is not subsettable
在GO结果处理过程中的报错,但这类报错处理方式可以广泛应用于多种命令。原创 2024-01-31 22:06:42 · 566 阅读 · 0 评论 -
RunHarmony报错处理 | Error in data.use %*% cell.embeddings : non-conformable arguments
Error in data.use %*% cell.embeddings : non-conformable arguments原创 2023-06-28 17:53:20 · 1440 阅读 · 1 评论 -
KEGG两类报错--①No gene can be mapped--②URL ‘https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway‘…
版本问题,重新安装一下clusterProfiler包。网络问题,可以等待之后再试一下(试过不是)(以上可以排除基因不存在的错误因素)原创 2023-03-14 16:42:20 · 15933 阅读 · 0 评论 -
R中使用png() / pdf()绘图
绘图代码如下:#对数据integrated进行绘图png("/data1/Jiangss_/"seurat4.umap.markers.png",width=16,height=12,unit="in",res=300)FeaturePlot(integrated, features = genes, min.cutoff = "q9")dev.off()结果出现:绘图结果已保存,但因为执行dev.off()后,当前设备被关闭,所以出现null device。不影响结果产生。原创 2022-01-22 15:59:18 · 4999 阅读 · 0 评论 -
R中Error in gzfile(file, mode) : cannot open the connection“Permission denied”
前言:在R中rds文件进行保存。其中integrated为通过R处理过后的单细胞整合数据,将其保存在“integrated.s4.sct.rds”中。执行后发现报错如下:显示连接失败,无法打开此文件,可能原因是无权限。解决办法:首先想到可能是需要创建该文件; 然后发现saveRDS属于base包中,尝试导入base包; 查阅资料后发现,可能需要加上绝对路径。成功解决。saveRDS(integrated,"/data1/Jiangss_/seuratdata/in原创 2022-01-21 21:59:22 · 4064 阅读 · 0 评论