conda配置R虚拟环境及导入R包

conda可用于包管理与核心管理，允许用户方便在不同版本、不同环境中相互转化。适合在超算平台上使用。

配置方法

有俩种。

其中一种是手动配置环境（小白更容易接受）；

另外一种是通过环境文件创建conda虚拟环境（这个更方便分享）

下载conda

linux版本：

#下载conda
wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

#安装conda
bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

#赋权限 并执行
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh   
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

配置镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --show

基本环境管理

conda info --envs # 查看环境
 
conda create -n myenv  # 创建一个myenv的环境
 
source activate myenv  # 激活进入 myenv环境
 
conda deactivate # 退出当前环境
 
conda env remove --name myenv # 移除环境

conda uninstall xxx   //卸载xxx包

安装软件

#以搜索R软件为例，查看是否存在以及版本
conda search R

conda info                    # 查看默认环境和缓存默认路径
conda info --envs             # 查看环境种类
conda create -n R4.1.2 r-base=4.1.2       # 创建名为R4.1.2的环境(包含R4.1.2版本的环境)
source activate R4.1.2  
conda list                    # 查看当前安装的软件
conda install r-base=4.1.2    # 安装R语言
conda install r-string        # R包 以 r- 开头 
conda deactivate              # 退出当前环境

导入Seurat包

conda install r-seurat=4.0.0 -y

source activate 环境后，再打开R，通过library()验证一下。

导入SeuratData包，直接使用install.package()导入失败。

#导入SeuratData包
install.package("remotes")
remotes::install_github("satijalab/seurat-data")
library(SeuratData)

法②：通过环境文件配置conda

环境文件（environment.yml）：在conda中安装一个老版本bwa，每个包都按照package=version来构建，

name: bwa_old
channels:
  - bioconda
dependencies:
  - bwa=0.7.15

操作

wget https://raw.githubusercontent.com/davetang/reproducible_bioinformatics/master/environment.yml

conda env create --file environment.yml  #创建

conda activate bwa_old   #激活

更新：

迁移已配置环境至新环境中

首先导出环境文件environment.yml

# 在已配置环境中导出配置文件
conda env export > environment.yml

# -n 新环境中的环境名；-f 之前导出的配置文件
conda env create -n seurat4 -f environment.yml

# 查询相关版本的信息
conda search r-rcpp=1.0.7 --info

是否默认进入base环境 

#修改默认配置
conda config --set auto_activate_base false	# 默认不进入base环境
conda config --set auto_activate_base true	# 默认进入base环境

参考：

SeuratData包无法安装的解决办法_m0_62585245的博客-CSDN博客

conda 基于python3.8安装R语言4+Seurat4_黄树茂博客-CSDN博客_conda 安装r语言
Introduction to Conda